La gare de Paris Bercy, avec une soixantaine de trains et 16 000 voyageurs quotidiens, représente 1,3% du trafic total des gares parisiennes. Elle fait l'objet d'une surveillance dynamique dans et aux abords immédiats du site. Les patrouilles de policiers, en uniforme et en civil, sont renforcées par des gendarmes mobiles ou des compagnies républicaines de sécurité, mais également par des militaires en mission Vigipirate. Ces derniers assurent au quotidien, avec deux équipes, des patrouilles gare de Lyon et Gare de Paris Bercy. Les effectifs policiers engagés dans ces missions de sécurisation sont habilités à effectuer des contrôles d'identité aléatoires assortis d'inspections de bagages. Ces dispositifs sont complétés par le recours aux caméras installées dans les gares et stations et connectées au dispositif de vidéoprotection de la préfecture de police qui permettent d'orienter le travail des équipes sur le terrain, en liaison avec les personnels des sociétés de transport, ainsi que d'effectuer des patrouilles vidéo. Par ailleurs, en 2015, la gare de Paris Bercy a fait l'objet d'opérations spéciales de sécurisation à 241 reprises et à 48 reprises au cours des 4 premiers mois de 2016 par les effectifs de la brigade des réseaux franciliens de la direction de la sécurité de proximité de l'agglomération parisienne (DSPAP). Un seul colis suspect a été traité en gare de Paris Bercy. Des contrôles de lutte contre l'immigration irrégulière sont également régulièrement organisés par les unités spécialisées.