Le rapport de la Cour des Comptes de juin 2014 relatif à : « La santé dans les outre-mer. Une responsabilité de la République » a souligné que comparativement avec la métropole, les outre-mer présentent des taux plus élevés de mortalité prématurée, mortalité infantile et périnatale, surpoids et obésité avec son cortège de maladies associées : diabète, maladies cardiovasculaires, insuffisance rénale chronique,… Les autres enjeux de santé publique des territoires ultramarins qui persistent malgré les efforts déployés, concernent les maladies infectieuses multiples, les arboviroses, la montée récente des pathologies chroniques, certaines pathologies rares (drépanocytose), les pathologies des migrants, des problèmes environnementaux spécifiques et dans certains outre-mer le vieillissement et la prise en charge des personnes âgées ou handicapées. Le Défenseur des droits au comité des droits de l'enfant des Nations unies recommandait en 2015, s'agissant de la santé et les services de santé, de faire une priorité nationale de la résorption des écarts entre la métropole et les départements d'outre-mer et de mieux prendre en compte la spécificité des enfants et des adolescents. Si la Cour constate l'effort de rattrapage engagé au bénéfice de ces territoires, qu'elle appelle à poursuivre et à amplifier et qui permet de classer les outre-mer français dans une situation sanitaire incomparablement meilleure au regard de pays qui les entourent, elle fait état de la nécessité d'élaborer une « stratégie de santé publique adaptée pour les outre-mer » complétant les orientations de la stratégie nationale de santé en y intégrant les questions qui répondent à leurs singularités. Aussi afin de rendre les actions conduites plus efficaces et plus pertinentes et résorber les inégalités de santé constatées, la ministre des affaires sociales et de la santé a présenté le 25 mai 2016 avec la ministre des outre-mer une stratégie de santé pour les outre-mer dont le principe est désormais inscrit à l'article 2 de la loi no 2016-41 du 26 janvier 2016 de modernisation de notre système de santé. Elle comporte 22 objectifs et 62 actions, associant des engagements de niveau national ainsi que des feuilles de route adaptées aux contextes locaux, à mettre en œuvre par chaque agence régionale ou territoriale de santé. L'amélioration de l'accès à la prévention et aux soins pour les personnes les plus démunies, l'accompagnement des handicaps et de la perte d'autonomie, le développement de la télémédecine, figurent dans la stratégie. Les actions de prévention portent notamment sur la résorption de la surmortalité maternelle et infantile, la réduction de l'incidence des pathologies du métabolisme dues au surpoids et à l'obésité, les déterminants comportementaux de la santé : conduites addictives et santé sexuelle et reproductive. Plusieurs plans nationaux de santé publique disposent également de volets spécifiques ultramarins : Programme national nutrition santé, Plan VIH Sida, Plan gouvernemental de lutte contre la drogue et les conduites addictives, Plan drépanocytose. Des mesures spécifiques aux outre-mer figurent dans le Plan national santé et environnement, et dans le Plan cancer 3. Aux Antilles la lutte contre la chlordécone, pesticide qui a contaminé les sols et les denrées alimentaires fait également l'objet d'un plan spécifique. Il est ainsi escompté que l'adoption d'une stratégie de santé pour les outre-mer apporte aux populations ultramarines des réponses spécifiques à leurs contextes et assure une cohérence d'ensemble aux mesures thématiques déjà mises en place afin de leur fournir un niveau de santé et de prise en charge comparable à celui dont bénéficient les métropolitains.