Conformément à l'article D. 439 du code de procédure pénale, l'agrément des aumôniers est délivré par le directeur interrégional des services pénitentiaires, après avis du préfet du département dans lequel se situe l'établissement pénitentiaire (ou du préfet de région lorsque la demande porte sur des établissements situés dans plusieurs départements). Pour les auxiliaires bénévoles d'aumônerie, la procédure est la même mais l'agrément est délivré pour une période de deux ans renouvelable (art. 439-2 du code de procédure pénale).  Les enquêtes préalables sont systématiques et seuls des agréments provisoires (d'une durée de 3 mois, renouvelable une fois) peuvent être délivrés dans l'attente du retour de la préfecture, à condition d'être en possession du bulletin no 2 du casier judiciaire et de l'avis de l'aumônier national, conformément à la circulaire JUSK1240021C du 20 septembre 2012 relative à l'agrément des intervenants d'aumônerie.  Il n'est pas envisagé, pour l'heure, de fixer une durée déterminée pour l'agrément des intervenants d'aumônerie ni d'effectuer un réexamen à échéance régulière de ces agréments. En revanche, la procédure de retrait d'agrément permet de mettre fin aux fonctions d'aumôniers qui ne satisfont pas aux obligations de la réglementation pénitentiaire ou ne se conforment pas à leur mission d'assistance spirituelle.