Le déploiement du logiciel Louvois a eu pour conséquences l'émergence de difficultés majeures de fonctionnement et le mécontentement légitime du personnel directement affecté. Conscient de ces graves dysfonctionnements et les jugeant inacceptables, le ministre de la défense a estimé que le système devait être stabilisé sans délai et les difficultés sérieusement prises en compte. C'est ainsi qu'une campagne de régularisation de l'ensemble des dossiers concernés par des anomalies a été engagée en vue, d'une part, de rétablir chaque administré dans ses droits, en lui versant les sommes qui lui sont dues et, d'autre part, de préserver les droits de l'État et les finances du ministère en recouvrant les sommes indûment versées. Dans ce contexte, entre la date de la mise en œuvre du logiciel Louvois et le mois de décembre 2015, 47 M€ ont été versés à des militaires au titre d'une procédure de régularisation en leur faveur. Au cours de la même période, le remboursement d'une somme globale de 363,2 M€, correspondant à des trop-perçus, a été demandé aux administrés concernés : 287,1 M€ ont été mis en recouvrement et 177,4 M€ ont été encaissés. Actuellement, le montant total des trop-perçus pour lesquels une démarche de notification et de demande de remboursement reste à entreprendre s'élève à environ 59,2 M€. Il est précisé qu'au regard des règles générales du droit budgétaire, le recouvrement des indus d'un montant égal ou supérieur à 30 euros constitue une obligation pour le ministère de la défense. La compétence pour accorder une remise gracieuse appartient en effet, selon les montants considérés, au comptable assignataire et au ministre chargé du budget. L'armée de terre, qui se trouve au centre de ce processus de régularisation, a mis en place un dispositif visant à analyser de manière approfondie les dossiers des personnels concernés et à vérifier, en particulier, les délais de prescription des créances, préalablement à l'envoi des éléments détaillés justifiant leurs trop-perçus. S'agissant des modalités du remboursement, trois possibilités sont offertes aux militaires : soit un rappel sur la solde selon un échéancier mensuel tenant compte de la quotité saisissable, soit le remboursement par chèque de la totalité du trop-perçu, soit l'aménagement de l'échéancier mensuel si leur situation personnelle le justifie. A cet égard, il peut être souligné que les demandes de rééchelonnement sont, d'une manière générale, accueillies avec une grande bienveillance par l'administration. Par ailleurs, un délai de deux mois est laissé aux intéressés pour accuser réception de la lettre de notification, demander éventuellement des explications à leur gestionnaire de proximité et faire part de l'option qu'ils retiennent pour le remboursement des sommes indûment perçues. Ce délai est bien sûr prolongé pour les militaires en opérations. En outre, il est précisé que des structures ayant vocation à informer les militaires et à répondre à leurs interrogations ainsi qu'à celles de leurs familles (« cellule solde assistance » constituée d'experts de la solde et des questions fiscales, « groupe utilisateurs » rassemblant les acteurs de la solde du ministère, des représentants des personnels et des conjoints de militaires) ont été constituées dans le cadre des premières mesures adoptées pour atténuer les dysfonctionnements du système Louvois. Enfin, conscient des difficultés rencontrées par certains agents du ministère liées à la récupération des trop-versés, le ministre de la défense a demandé l'élaboration d'un plan d'actions pour améliorer notamment la qualité des décisions individuelles de reprise des trop-versés et favoriser une refonte des procédures permettant de garantir en toute hypothèse les droits des administrés.