Des difficultés rencontrées ont été signalées par les collectivités locales et les associations dans la mise en œuvre de la politique partenariale Natura 2000, et, plus particulièrement, en ce qui concerne le retard dans la mise en œuvre de son financement public et des conséquences que cela entraîne sur le plan économique local. Depuis 2014, le changement de période de programmation des fonds européens, couplé à la décentralisation de leur gestion, a entraîné des évolutions profondes dans l'architecture financière du soutien au réseau Natura 2000. Plus précisément, dans le cadre de la nouvelle période de programmation 2014-2020, la décentralisation de la gestion des fonds européens a conduit à établir un cadrage national Etat-régions pour le Fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER), permettant de créer un cadre harmonisé au niveau national pour le financement, principalement par le FEADER, des actions liées à la gestion des sites Natura 2000. Ainsi, dans chaque région métropolitaine, les mesures d'élaboration et de révision des documents d'objectifs (DOCOB) des sites, les actions d'animation de la démarche et les contrats Natura 2000 continuent d'être éligibles à un cofinancement du FEADER en application des programmes de développement rural régionaux (PDRR). Toutefois, du fait du retard dans l'adoption des nouveaux règlements encadrant l'utilisation des fonds européens sur la période 2014-2020, et de la décentralisation de la gestion de ces fonds, les nouveaux circuits financiers sont progressivement définis et rendus opérationnels, sur la base d'une feuille de route fixée entre les régions et l'Agence de services et de paiement (ASP), organisme payeur du FEADER. En 2015 et 2016, en Bourgogne-Franche-Comté, la signature de conventions financières régionales tripartites entre l'ASP, l'Etat et la région a permis la reprise du cofinancement de l'animation des sites Natura 2000. Les difficultés de trésorerie que ce retard occasionne, notamment pour le versement des subventions associées à la rémunération des salariés, est un véritable handicap pour les structures animatrices, engagées souvent de longue date dans la mise en œuvre concrète du dispositif. Mes services, en lien étroit avec ceux de la région et de l'ASP, sont activement mobilisés pour que ces outils techniques puissent être déployés avant la fin de l'année, de façon à ce que le paiement des actions entreprises par les collectivités soit effectif. La programmation des contrats Natura 2000, avec un co-financement du FEADER, devrait également pouvoir reprendre d'ici fin 2016, la région ayant demandé l'ouverture des outils dédiés pour l'engagement des dossiers de financement relatifs aux contrats Natura 2000 et des crédits ont été identifiés à cette fin dans la convention passée avec l'ASP. S'agissant des crédits de l'État, le triennal 2015-2017 prévoit le maintien des crédits mobilisés pour le dispositif Natura 2000, ce qui constitue un réel effort de soutien dans un contexte de maîtrise budgétaire. L'implication et l'engagement de l'ensemble des élus locaux pour concrétiser le dispositif Natura 2000, au travers du partenariat de longue date qu'ils ont su mettre en place entre les collectivités territoriales, les services de l'État et les acteurs du territoire, méritent d'être salués.