Lorsqu'elle constitue une activité économique et ainsi que le prévoit l'article 256 B du code général des impôts (CGI), l'activité de transports de personnes accomplie par une personne morale de droit public est, en tout état de cause, assujettie à la TVA. Ainsi, la fourniture, par une autorité organisatrice de transports (AOT), de prestations de transports de personnes à titre onéreux doit être soumise à la TVA. Une telle activité est réalisée à titre onéreux lorsqu'il existe un lien direct entre le service rendu et la contre-valeur reçue. Pour cela, le bénéficiaire de la prestation doit en retirer un avantage individuel et le niveau de cet avantage doit être en relation avec le prix payé. A ce titre, dans le situation du transport scolaire, le seuil de 10 % n'a pas été fixé « au doigt levé », mais résulte d'une étude systématique de la jurisprudence récente de la Cour de justice de l'Union Européenne (CJUE). La Cour, dans l'arrêt Gemeente Borsele (Aff. C 520/14) rendu le 12 mai 2016, a jugé en présence de contributions acquittées annuellement par les usagers ne couvrant que 3 % de la totalité des frais annuels de transport, qu'il résulte d'une telle asymétrie entre les frais de fonctionnement et les montants perçus en contrepartie des services offerts, une absence de liens réels entre la somme acquittée par les familles et la prestation de services fournie. Il s'ensuit qu'aucun droit à déduction de la TVA d'amont n'a pu être admis car dans de telles circonstances, la prestation est située en dehors du champ d'application de la TVA. Toutefois, cet arrêt ne fixe pas de seuil en pourcentage permettant de considérer que la prestation entre dans le champ d'application de la TVA s'agissant du transport. Par le passé, la CJUE, dans sa décision Commission contre Finlande (Aff. C-246/08), a cependant refusé la qualité d'assujetti à une personne publique dont les revenus d'une activité d'assistance juridique ne couvraient que 8 % des coûts engagés. Dans sa décision Gemeente Woerden (Aff. C 267/15), la Cour a admis que la commune soit qualifiée d'assujettie bien que celle-ci, dans les circonstances de l'affaire, ne percevait comme recettes que 10 % de ses coûts. Dès lors qu'en matière de transport scolaire, le prix demandé aux usagers est très inférieur au coût supporté par l'AOT, l'étude de la jurisprudence européenne conduit à l'instauration d'un seuil minimal de 10 %. Pour l'AOT, le seuil de 10 % s'apprécie en fonction de l'ensemble des recettes taxables issues de l'activité de transport scolaire, y compris, le cas échéant, les subventions complément de prix mentionnées au a) du 1 de l'article 266 du CGI, rapporté à l'intégralité de son coût de revient annuel. Enfin, il est précisé que la fixation d'un seuil répond à un objectif de sécurité juridique et qu'antérieurement, l'absence de précision sur ce seuil ne signifiait pas que l'ensemble des AOT étaient fondées à déduire la TVA grevant leurs dépenses d'amont sans prendre en compte le niveau des recettes acquittées par les usagers.