La convention donnant lieu à attribution d'une subvention au GENEPI par l'administration pénitentiaire n'a pas été renouvelée. Des raisons objectives ont conduit à cette décision : Le nombre d'heures d'activité en détention étant passé de plus de 12 000 heures en 2014/2015 à moins de 3000 heures pour le dernier exercice, le GENEPI ne remplissait plus les obligations de la convention qu'il avait signée, la première d'entre elles consistant à « stabiliser le nombre d'heures d'activités reçues par les personnes détenues ». De plus, l'exercice de cette mission s'effectuait dans un nombre d'établissements lui aussi en baisse conséquente. Par ailleurs, le positionnement de certains membres du GENEPI considérant qu'ils n'avaient pas à participer à l'action d'une direction dont ils désapprouvaient les orientations fondamentales a, par endroit, nuit au fonctionnement normal du service public de la justice. Compte tenu, néanmoins, de l'importance qu'accorde le ministère de la Justice à l'intervention auprès des détenus des étudiants, un nouveau conventionnement, sans financement, a été proposé au GENEPI. L'assemblée générale de l'association réunie les 8 et 9 décembre 2018 a approuvé cette nouvelle orientation. Dans l'entretemps, il a été rappelé que les étudiants qui le souhaitaient pouvaient poursuivre des activités d'enseignement auprès des personnes détenues. La nouvelle convention a été signée le 14 février 2019.