La gouvernance et le pilotage de la politique éducative sociale et de santé en faveur des élèves relèvent de la compétence du ministre de l'éducation nationale et de la jeunesse, qui s'appuie plus particulièrement sur la direction générale de l'enseignement scolaire.  À l'échelle nationale, elle s'inscrit dans le cadre d'un partenariat interministériel fixé par la convention-cadre du 29 novembre 2016 entre le ministère chargé de l'éducation nationale et le ministère chargé de la santé. À l'échelle régionale, le rectorat pilote le comité académique d'éducation à la santé et à la citoyenneté (CAESC) et détermine avec l'agence régionale de santé (convention ARS-rectorat), en fonction du projet régional de santé et du projet académique, les actions à déployer en matière de santé. Les directions des services départementaux de l'éducation nationale (DSDEN) déclinent ces actions en pilotant les comités départementaux d'éducation à la santé et à la citoyenneté (CDESC). Au collège et au lycée, en lien avec le projet d'établissement, le comité d'éducation à la santé et à la citoyenneté (CESC) permet de structurer et d'organiser les partenariats utiles à la mise en place des actions programmées dans le cadre de la politique éducative et de prévention de l'établissement et inscrites dans le cadre du projet d'établissement. Des CESC inter-degrés peuvent être installés pour mettre en place une dynamique de territoire sur ces thématiques. À l'école, le projet d'école permet d'inscrire une action d'éducation à la santé en fonction des cycles scolaires et de prévoir une programmation qui débouche sur la mise en œuvre d'un projet pédagogique et éducatif. Les infirmiers de l'éducation nationale exercent leurs fonctions dans ce cadre et sous l'autorité du chef d'établissement. Dans le cadre de leurs compétences, ils sont amenés à concevoir, organiser et évaluer les actions de promotion et d'éducation à la santé tant individuelles que collectives. À ce titre, comme énoncé dans l'article 2 du décret n° 2012-762 du 9 mai 2012 portant dispositions statutaires communes aux corps d'infirmiers de catégorie A des administrations de l'État dans la circulaire n° 2015-119 du 10 novembre 2015 relative à leurs missions, les infirmiers de l'éducation nationale participent aux projets d'éducation à la santé et de prévention des conduites à risque menés dans les établissements et tiennent ainsi globalement un rôle éducatif au sein de la communauté scolaire. Les personnels sociaux, psychologues et de santé (infirmiers et médecins) de l'éducation nationale coopèrent en faveur du suivi de la santé de l'élève, afin de répondre aux besoins de l'élève et participer à la mise en place de conditions favorables aux apprentissages. De plus, des partenariats sont souvent mis en place avec les collectivités territoriales, par exemple dans le cadre de la politique de la ville, à travers les ateliers santé-ville, ou encore avec des associations de quartier qui jouent un rôle très important en la matière. De nombreuses municipalités sont également très impliquées dans ces politiques développées à l'échelon local. Dès la rentrée 2019, l'action du ministère dans ce domaine sera renforcée en direction des 0 - 6 ans à travers un travail en réseau impliquant des échanges d'informations entre les infirmiers de l'éducation nationale et les professionnels appartenant à des institutions différentes (protection maternelle et infantile, services hospitaliers, intersecteurs de psychiatrie infanto-juvénile, médecins généralistes) et, plus généralement, tout acteur exerçant des responsabilités en matière de santé auprès des jeunes.