Le blocage d'un élevage en cas de suspicion d'une maladie contagieuse ou zoonotique est une mesure sanitaire essentielle pour protéger les autres élevages et la population. L'article L. 223-6 du code rural et de la pêche maritime (CRPM) permet au préfet de prendre un arrêté de mise sous surveillance « en cas de simple suspicion de maladie réputée contagieuse » dont la liste figure dans l'arrêté du 29 juillet 2013 relatif à la définition des dangers sanitaires de première et deuxième catégorie pour les espèces animales. La prise d'un arrêté de mise sous surveillance entraîne l'application totale ou partielle des mesures énumérées aux 1° à 7° de l'article L. 223-8 du CRPM ayant pour conséquence le blocage de l'élevage mis sous surveillance pendant la durée nécessaire aux investigations permettant de statuer sur cette suspicion. Un arrêté portant déclaration d'infection remplace l'arrêté de mise sous surveillance en cas de confirmation de maladie et entraîne des mesures supplémentaires, abattage et/ou de traitement et vaccination des animaux. L'arrêté de mise sous surveillance est simplement levé en cas d'infirmation. Les conséquences financières et les pertes subies durant la période de blocage sous arrêté de mise sous surveillance sont bien identifiées par les services du ministère de l'agriculture et l'alimentation. En cas de confirmation d'une maladie considérée comme un danger sanitaire de première catégorie, l'État indemnise les pertes subies par l'éleveur en prenant en charge la destruction des produits le cas échéant et le manque à gagner résultant de l'arrêt de la production ou de sa réorientation. En revanche, lorsque la suspicion d'un danger de première catégorie n'est pas confirmée (ou en cas de confirmation d'une maladie appartenant à la liste des dangers sanitaires de deuxième catégorie) l‘État ne prend pas en charge les pertes occasionnées par le blocage de l'exploitation, mais le fonds national agricole de mutualisation du risque sanitaire et environnemental (FMSE) peut intervenir via des programmes d'indemnisation validés et financés par l'État à hauteur de 65 %. Afin de minimiser les conséquences de ces blocages, la réglementation offre quelques solutions aux éleveurs afin de valoriser leur production pendant la période de blocage sous arrêté de mise sous surveillance. En particulier, les élevages laitiers peuvent conserver la possibilité de commercialiser le lait pasteurisé et les élevages d'engraissement peuvent sous certaines conditions et pour certaines maladies valoriser leurs animaux via un abattage sous laissez passer. Les éleveurs du département des Pyrénées-Atlantiques sont particulièrement concernés par des suspicions de tuberculose bovine, maladie de première catégorie en forte recrudescence dans les élevages bovins depuis plusieurs années. Les instructions données aux directions départementales en charge de la protection des populations concernant les modalités de gestion des suspicions de tuberculose permettent de les classer en suspicion faible ou forte. Les suspicions faibles représentent 90 % des suspicions et peuvent être très rapidement investiguées par l'abattage diagnostique du ou des bovins suspects. Cet abattage fait l'objet d'une indemnisation et permet de lever la suspicion en une dizaine de jours lorsque les analyses de laboratoire mises en œuvre sur les carcasses du ou des animaux abattus se révèlent favorables. A contrario lors de suspicions fortes, les durées de blocage sont longues, a minima 42 jours. Comme évoqué précédemment pour ces élevages qui sont minoritaires en nombre, aucune indemnisation n'est prévue par le CRPM ou ses textes d'application. Il convient dès lors d'actionner via les organisations professionnelles le levier du FMSE. Au delà, le ministère de l'agriculture et de l'alimentation conduit et finance des travaux de recherche afin d'améliorer les tests de dépistage et réduire les délais entre une suspicion d'infection et les résultats d'analyse. Ces travaux doivent permettre de raccourcir les périodes de blocage pour limiter les conséquences financière à la fois pour les éleveurs, mais aussi pour les finances publiques, en cas de suspicion de maladie animale.