Un rapport d'audit de l'Inspection Générale des Finances (IGF) transmis au Parlement le 10 octobre 2017 sur les conditions de mise en œuvre du prélèvement à la source a objectivé et relativisé ce transfert de charges de l'État vers les entreprises. Ce rapport estimait ainsi que la charge financière serait comprise globalement entre 310 et 420 M€ pour les entreprises. Il précisait que plus de 70 % de ce coût proviendrait de la valorisation des ressources internes qui seraient mobilisées pour le paramétrage des logiciels de paie, la formation des utilisateurs et la communication nécessaire auprès des salariés. En effet, la mise en œuvre du prélèvement à la source repose sur la déclaration sociale nominative, qui est un vecteur déclaratif existant et éprouvé. En pratique, les éditeurs de logiciels de paie ont été en capacité, grâce au partenariat établi avec l'administration fiscale, de livrer dans les délais des versions de logiciels permettant aux entreprises d'effectuer du prélèvement à la source dans des conditions satisfaisantes. Par ailleurs, les « petites » entreprises, qui demeuraient en dehors de la déclaration sociale nominative, ont pu remplir, à moindre coût, leur obligation déclarative et de reversement du prélèvement à la source, en utilisant le titre emploi service entreprise (TESE). Les entreprises bénéficient en outre d'un effet en trésorerie dès lors qu'elles ne reversent la retenue à la source qu'elles ont collectée qu'après un délai de plusieurs jours. Les entreprises de moins de cinquante salariés effectuent ainsi ce reversement le 15 du mois suivant le prélèvement. La mission IGF soulignait dans son rapport que la charge pesant sur les entreprises pouvait être atténuée par un plan de communication adéquat de l'administration. L'accompagnement des employeurs s'est ainsi notamment traduit par la mise à disposition d'un kit de démarrage à l'attention de tous les collecteurs qui a été mis en ligne sur le site impots.gouv.fr en mars 2018.