Le Guide du crédit impôt recherche (CIR) est effectivement conçu comme une aide pour les entreprises. Il a été révisé en 2018 dans un souci pédagogique. Il incorpore dorénavant des éléments, demandés par les différents acteurs intervenant dans le CIR (Direction de la législation fiscale (DLF), Direction générale des finances publiques (DGFiP), Direction générale des entreprises (DGE) …), visant à mieux expliciter comment constituer les dossiers notamment dans le domaine de l'informatique qui est le secteur d'activité qui génère le plus de difficultés pour les expertises scientifiques Le Guide du CIR ne fait que reprendre les définitions et informations contenues dans les textes légaux ou doctrinaux auxquels il renvoie systématiquement. Lorsque la doctrine fiscale prête à interprétation, le ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation (MESRI) interroge ses interlocuteurs de la DGFIP et c'est la position de l'administration fiscale qui est explicitée in fine dans le Guide. L'objet du Guide n'est aucunement de générer des confusions juridiques ou des interprétations non conformes aux textes juridiques. Dans l'introduction du Guide du CIR, il est bien précisé que celui-ci n'est pas opposable à l'administration. Il y est écrit que les précisions et explications qu'il apporte sont dépourvues de valeur réglementaire et que le guide ne peut se substituer ni à une référence aux textes législatifs et réglementaires ni aux instructions fiscales applicables en la matière. La version 2019 a été complétée en ce sens. Il est précisé que le Guide CIR ne peut pas être utilisé comme référence juridique pour asseoir un rehaussement ou rejeter un remboursement ou un rescrit. Concernant le sujet de la rétroactivité, il y a une confusion entre le Guide du CIR et le dossier justificatif des travaux de R&D déclarés au CIR (co-publié par le MESRI et la DGFIP). Il s'agit de documents différents qui n'ont pas les mêmes fonctions. Le premier précise les modalités d'application du CIR alors que le second propose des conseils de constitution de dossier pour en faciliter la lecture par un expert scientifique. Le nouveau dossier justificatif se veut plus pédagogique dans sa dernière version en date de 2018. Il propose aux entreprises qui souhaitent bénéficier du CIR, la structure à suivre pour rédiger, chaque année, le dossier justificatif des travaux de R&D déclarés au CIR. Cette nouvelle version explicite les éléments attendus et regardés par les experts scientifiques en cas de contrôle par le MESRI, afin que les entreprises comprennent bien comment constituer leur dossier. Les explications plus détaillées s'appuient sur les pratiques de contrôle des dernières années. L'idée est de rendre transparent l'exercice pour les entreprises. Le nouveau dossier justificatif n'est aucunement rétroactif. Il s'applique au CIR Millésime 2018 et ceux ultérieurs. Ainsi, pour les contrôles en cours au MESRI, les sociétés présentent les dossiers qu'elles ont rédigés conformément au précédent modèle. Il n'y a que dans les cas où une entreprise n'a rédigé aucun dossier justificatif ou bien encore un dossier qui ne permet pas de rendre un avis, que le MESRI demande, pour faciliter l'expertise, de présenter les projets de R&D selon les nouvelles modalités. Le MESRI prend bonne note de ces remarques et lèvera les ambiguïtés qu'il pourrait y avoir concernant les différents points évoqués dans ses prochaines éditions du Guide du CIR. Le nouveau dossier justificatif se veut plus pédagogique dans sa dernière version en date de 2018. Il propose aux entreprises qui souhaitent bénéficier du CIR, la structure à suivre pour rédiger, chaque année, le dossier justificatif des travaux de R&D déclarés au CIR. Cette nouvelle version explicite les éléments attendus et regardés par les experts scientifiques en cas de contrôle par le MESRI, afin que les entreprises comprennent bien comment constituer leur dossier. Les explications plus détaillées s'appuient sur les pratiques de contrôle des dernières années. L'idée est de rendre transparent l'exercice pour les entreprises. Le nouveau dossier justificatif n'est aucunement rétroactif. Il s'applique au CIR Millésime 2018 et ceux ultérieurs. Ainsi, pour les contrôles en cours au MESRI, les sociétés présentent les dossiers qu'elles ont rédigés conformément au précédent modèle. Il n'y a que dans les cas où une entreprise n'a rédigé aucun dossier justificatif ou bien encore un dossier qui ne permet pas de rendre un avis, que le MESRI demande, pour faciliter l'expertise, de présenter les projets de R&D selon les nouvelles modalités. Le MESRI prend bonne note de ces remarques et lèvera les ambiguïtés qu'il pourrait y avoir concernant les différents points évoqués dans ses prochaines éditions du Guide du CIR.