Les agences de l'eau ont pour mission d'aider, de la manière la plus adaptée possible, à l'atteinte des objectifs de la directive cadre sur l'eau. Les politiques et les taux d'intervention des agences de l'eau sont établis après décision de leur conseil d'administration sur des critères d'efficacité au regard des objectifs qu'elles poursuivent. En ce qui concerne la restauration de la continuité écologique des cours d'eau, l'efficacité est très différente entre l'aménagement d'une passe à poissons et la suppression totale ou partielle du seuil créant un obstacle. En effet, la continuité écologique est définie par la libre circulation des espèces et le transport suffisant des sédiments. Ces deux éléments sont indispensables pour atteindre le bon état écologique. La restauration de la continuité écologique permet aux espèces d'accomplir leur cycle de vie en atteignant leurs lieux de reproduction, leurs lieux de croissance et de nourrissage, de s'abriter ou d'atteindre d'autres cours d'eau ou secteurs plus accueillants en cas de pic de pollution, d'augmentation de la température des eaux ou de réduction forte du débit de la rivière. Elle permet d'augmenter la capacité de mobilité et de dispersion des espèces, qui en outre est indispensable pour assurer les échanges génétiques leur permettant une meilleure capacité d'adaptation au changement climatique et ainsi une meilleure résilience. D'un point de vue écologique, la suppression d'un seuil est la seule intervention permettant de restaurer entièrement la continuité dans toutes ses dimensions en rétablissant l'ensemble des processus naturels formant une rivière fonctionnelle, et donc, en bon état. En rétablissant des eaux courantes, cette suppression va assurer leur maintien à des températures plus fraîches, leur auto-épuration, et assurer la séquence « érosion, transport et dépôt des sédiments » indispensable au renouvellement régulier de la diversification des habitats, lieux d'abri, de frai, etc. Les dispositifs de franchissement des ouvrages à la montaison comme à la dévalaison, aussi efficaces soient-ils, ne font qu'assurer, toujours partiellement, la circulation d'une partie des espèces piscicoles. Sur des longues migrations, comme celle du saumon, l'effet cumulé de cette inefficacité partielle peut empêcher l'arrivée en temps et en heure d'un nombre suffisant d'individus sur leurs lieux de reproduction. En outre, ces dispositifs ne permettent pas de récupérer les habitats ou frayères ennoyés sous les eaux de la retenue formée à l'amont du seuil, ni de lutter contre le réchauffement de ces eaux stagnantes. Ils ne rétablissent pas le transport sédimentaire. Cette différence significative d'efficacité pour l'atteinte du bon état des cours d'eau entre une solution et une autre, justifie les différences de taux d'aides des agences de l'eau.