La législation relative aux importations d'animaux, végétaux, denrées alimentaires et alimentation animale et produits animaux et végétaux est complètement harmonisée au niveau européen. Tous les produits importés dans l'Union européenne (UE) doivent être sûrs, ne présenter aucun danger pour la santé des consommateurs et être conformes aux prescriptions de la législation UE en la matière. Les animaux et produits animaux doivent provenir de pays autorisés et d'établissements préalablement agréés à exporter vers l'UE et être accompagnés d'un certificat sanitaire correspondant à un modèle établi au niveau européen qui atteste de la conformité aux normes UE. L'autorisation d'exporter vers l'UE est délivrée par l'UE pour une filière donnée, à la suite d'un audit mené dans le pays tiers par la Commission européenne et dont le résultat est soumis aux États membres. Des audits réguliers sont ensuite conduits dans les pays tiers par la Commission européenne pour vérifier la qualité des contrôles. Afin d'exporter des viandes bovines vers l'UE, le Canada doit respecter les normes relatives à l'importation au sein de l'UE qui sont précisées dans le règlement (UE) n° 206/2010 de la Commission du 12 mars 2010 établissant des listes des pays tiers, territoires ou parties de pays tiers ou territoires en provenance desquels l'introduction dans l'UE de certains animaux et viandes fraîches est autorisée, et définissant les exigences applicables en matière de certification vétérinaire. La réglementation UE interdit également l'entrée de viande de ruminants issue d'animaux nourris avec des farines animales de viandes et d'os dites de « catégories 1 et 2 » et de crétons. Les dispositions de l'accord CETA ne dérogent en rien à ces dispositions qui s'appliquent donc aux produits importés du Canada. Les contrôles sanitaires et phytosanitaires à l'importation sur les lots en provenance des pays tiers sont réalisés à la frontière, au premier point d'entrée dans l'UE. Ces contrôles sont encadrés par une réglementation européenne et s'effectuent en amont du dédouanement. Ils consistent en un contrôle documentaire du certificat sanitaire ou phytosanitaire, qui peut être complété par des étapes de contrôle d'identité et de contrôle physique nécessitant une présentation effective du lot au poste frontalier (de manière aléatoire selon des fréquences déterminées au niveau européen sur la base d'une analyse de risque, ou de façon systématique pour certains flux comme les animaux vivants). Les denrées non-conformes sont réexpédiées vers le pays d'origine ou détruites, et les lots non-conformes éventuellement présents sur le marché sont rappelés. Un plan de contrôle renforcé peut être mis en place en cas de non-conformité importante ou récurrente : les lots exportés depuis l'établissement où a été détectée la non-conformité font l'objet d'un contrôle systématique en poste frontalier, avec mise en place d'un prélèvement officiel pour analyse libératoire. L'UE peut aussi interrompre unilatéralement ses importations en provenance d'un pays tiers. Concernant les organismes génétiquement modifiés (OGM), leur mise en culture est interdite en France. La mise sur le marché (y compris par importation) d'un produit OGM destiné à l'alimentation humaine ou animale doit faire l'objet d'une autorisation préalable au niveau de l'UE, après une analyse scientifique de l'absence d'impacts sur la santé humaine, la santé animale et l'environnement. Les OGM autorisés (soja, maïs, colza, coton, betterave) en alimentation humaine ou animale sont soumis à une obligation d'étiquetage au-delà de 0,9 % dans le produit commercialisé. Les produits canadiens importés dans l'UE doivent respecter les normes UE en matière d'OGM. Des contrôles à l'importation visent à rechercher la présence d'OGM dans les semences. Des contrôles sont également mis en œuvre pour rechercher la présence d'OGM non-autorisés dans les denrées alimentaires et aliments pour animaux et vérifier le respect des règles d'étiquetage.