Le ministère de l'agriculture et de l'alimentation défend le principe d'une cohabitation harmonieuse entre l'activité agricole, ancrée dans les territoires et essentielle à notre pays et les habitants de ces territoires. Pour autant, comme la plupart des activités humaines, les activités agricoles sont susceptibles de générer des nuisances, qui sont encadrées par diverses réglementations relevant, selon les cas, du code de la santé publique, du code de l'environnement ou du code rural et de la pêche maritime. Ces réglementations s'appliquent à différentes échelles. Ainsi, à l'échelon départemental, le règlement sanitaire départemental (RSD), arrêté par le préfet, fixe des distances d'éloignement des bâtiments d'élevage, des zones d'habitation, ainsi que des règles techniques d'hygiène destinées notamment à éviter la prolifération de nuisibles et des règles de gestion des effluents. La bonne application du RSD est de la compétence du maire de la commune, dans le cadre des pouvoirs de police générale que lui confère le code général des collectivités territoriales (article L. 2212-2). Lorsque l'activité dépasse certains seuils, elle relève de la réglementation des installations classées pour la protection de l'environnement, qui fixe également des distances minimales d'implantation du bâtiment d'élevage et de ses annexes, ainsi que des prescriptions visant à limiter les nuisances pour le voisinage et à prévenir les risques accidentels et de pollution diffuse. Certaines de ces prescriptions générales peuvent être adaptées, voire complétées, par le préfet selon les caractéristiques propres de l'installation et sa localisation. Au plan national, lorsque des dispositions législatives ou réglementaires prévoient des règles de distance pour l'implantation des bâtiments agricoles vis-à-vis de tiers, l'article L. 111-3 du code rural impose la réciprocité : la construction d'habitations ou d'immeubles sans finalité agricole doit alors satisfaire aux mêmes conditions de distance d'implantation par rapport aux bâtiments agricoles de référence. Par ailleurs, le code de la construction et de l'urbanisme prévoit, au titre de l'antériorité, qu'un tiers titulaire d'un permis de construire attribué postérieurement à l'existence d'une activité agricole, ne peut se prévaloir de ce permis pour bénéficier des règles d'éloignement des bâtiments agricoles, y compris lorsque ceux-ci sont agrandis. Ainsi, l'encadrement législatif et réglementaire en vigueur, permet de réguler la grande majorité des enjeux de voisinage lorsqu'ils impliquent des activités agricoles. Pour autant cet encadrement ne peut à lui seul régler toutes les questions susceptibles de se poser localement en matière de bon voisinage entre agriculture et habitat rural. La mise au point de chartes ou de guides de bonnes pratiques, construites notamment à partir du dialogue entre professionnels, collectivités territoriales et riverains, peut favoriser une meilleure compréhension mutuelle. À titre d'exemple, sur l'activité méthanisation, susceptible de générer des tensions entre les agriculteurs et leurs voisins, l'agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (Ademe) a diffusé à la fois un kit citoyen grand public « La méthanisation en 10 questions » ainsi qu'un guide à l'attention des agriculteurs porteurs de projets, notamment pour les sensibiliser aux enjeux de la concertation territoriale et leur donner les conseils et les outils appropriés.