Les biens indivis des époux séparés de biens sont soumis au régime de l'indivision de droit commun (C. civ., art. 815 s.). Ainsi, les dettes qui résultent de la conservation ou de la gestion de ces biens sont indivises, l'article 815-8 du code civil disposant que "quiconque perçoit des revenus ou expose des frais pour le compte de l'indivision doit en tenir un état qui est à la disposition des indivisaires". L'article 815-9 dispose par ailleurs que "l'indivisaire qui use et jouit privativement de la chose indivise est, sauf convention contraire, redevable d'une indemnité".  Par conséquent, les charges de l'indivision sont réparties entre les indivisaires, à proportion de leur quote-part dans l'indivision, et si l'un d'eux occupe privativement le bien, il est redevable d'une indemnité envers l'indivision. Il convient néanmoins de préciser que ces mouvements entre les comptes personnels des époux et le compte de l'indivision sont généralement neutralisés par l'obligation, résultant du régime primaire, de contribuer aux charges du mariage qui, sauf conventions contraires, pèse sur les époux à proportion de leurs facultés respectives (art. 214 du code civil). Ainsi, les dépenses qui ont une destination familiale (telles que celles relatives au logement de la famille, ou même à une résidence secondaire), sont considérées par la jurisprudence comme relevant des charges du mariage. Par conséquent, les charges, qu'elles soient à titre de propriétaire ou locatives, et dès lors qu'elles ont une destination familiale, pourront être considérées comme charges du mariage, et les époux y contribueront à proportion de leurs facultés respectives.