S'agissant des opérations, le chef d'état-major des armées (CEMA) exerce le commandement opérationnel des forces françaises déployées, par l'intermédiaire d'un contrôleur opérationnel, commandant interarmées de théâtre. L'état-major de la Task Force et les commandants de bâtiments en assurent le commandement tactique. Cette chaîne de commandement repose sur le cadre doctrinal du principe de l'unité d'action et de commandement. Elle s'appuie en subsidiarité sur les expertises fournies par les chaînes organiques, des armées et des soutiens - en l'espèce, tout particulièrement le service de santé des armées - afin de garantir une combinaison optimale des effets et des missions, l'efficience des forces et la sécurité du personnel engagé. Le porte-avions accueillant de façon conjoncturelle des entités diverses, selon les nécessités dictées par les opérations (équipage du navire, flottilles d'aéronefs embarqués et leurs soutiens, état-major tactique de la Task Force, renforts hospitaliers ou dans d'autres domaines, etc.), le terme commandement englobe la chaîne des responsabilités liant les différents niveaux de direction de ces entités dans les domaines organiques, opérationnels et techniques. Les enquêtes menées dans le cadre épidémique de la covid-19 se sont donc attachées, chacune dans son domaine (interarmées, marine nationale, service de santé des armées), à identifier le bon partage des informations et la qualité des analyses produites par chacun des acteurs en responsabilité, afin de proposer des recommandations à la ministre visant à optimiser encore ces échanges transverses et leur unité d'action comme d'information.