Dans son avis rendu le 18 mai 2020, dans la perspective du second tour des élections municipales, le Conseil scientifique recommandait le port du masque « grand public » pour tous les électeurs et préconisait le port obligatoire d'un masque chirurgical pour les membres du bureau et les personnes participant à l'organisation du scrutin, qui devaient également bénéficier d'une visière de protection. Sur la base de cet avis, le Gouvernement a donc prévu que le port du masque était obligatoire dans les lieux de vote pendant toute la durée des opérations électorales (art. 3 et 4 du décret n° 2020-743 du 17 juin 2020 prescrivant les mesures sanitaires exceptionnelles nécessaires pour l'organisation des élections organisées le 28 juin 2020). S'il a été demandé aux électeurs de venir avec leur propre masque afin de diminuer les risques de contamination en amont des opérations de vote, le ministère de l'Intérieur a acheminé des masques en nombre suffisant dans chaque bureau de vote concerné par le second tour afin de permettre aux électeurs qui se présenteraient sans masque de pouvoir voter. Il en est de même pour l'équipement sanitaire des membres du bureau de vote – masques chirurgicaux, visières – et pour le gel hydroalcoolique fournis et financés par l'Etat pour chaque bureau de vote. En tout état de cause, aucun électeur n'a été empêché de voter lors du second tour des élections municipales organisé le 28 juin 2020 en raison d'un manque de masques.