La ménagerie du Jardin des plantes fait partie des 10 sites accueillant du public du Muséum national d'histoire naturelle (MNHN). Le MNHN se consacre à la diversité biologique, géologique et culturelle et aux relations entre les sociétés humaines et la nature. Il est à la fois centre de recherche, musée et université et permet la rencontre de la conservation, de l'enrichissement, la valorisation et la mise à disposition des collections avec la recherche fondamentale et appliquée, l'enseignement multidisciplinaire, l'expertise internationale et l'action éducative.  Au titre de ses missions de conservation, le MNHN comprend outre la ménagerie du Jardin des plantes, le Parc zoologique de Paris (PZP), la réserve zoologique de la Haute-Touche dans l'Indre et le Marinarium de Concarneau en Bretagne. Les parcs zoologiques ont quatre missions : divertissement, éducation, conservation et recherche dans le respect des réglementations nationale et internationale en vigueur. La ménagerie du Jardin des plantes est un des plus anciens zoos du monde et abrite quelque 150 espèces (dont un tiers menacé d'extinction) qui font partie de programmes coopératifs d'élevages de l'association européenne des zoos et aquariums (EAZA). Conformément à ses missions, et en application de l'arrêté du 25 mars 2004 fixant les règles générales de fonctionnement et les caractéristiques générales des installations des établissements zoologiques à caractère fixe et permanent, présentant au public des spécimens vivants de la faune locale ou étrangère, notamment ses articles 12, 15 et 53, le MHNH attache une grande importance au bien-être des animaux et à la préservation des espèces menacées dans leur milieu naturel. Le MNHN est membre de l'Association française des parcs zoologiques (AFdPZ) qui a publié en 2020 un nouveau code d'éthique à l'attention de ses membres qui ont pour obligation d'« Agir dans l'intérêt de la conservation de la vie sauvage, de la biodiversité et du bien-être animal au travers de sa communication et de ses actions ». Les membres s'engagent à respecter des normes de haut niveau garantissant le bien-être des animaux dont ils ont la responsabilité. Afin d'assurer de bonnes conditions de vie aux animaux présents à la ménagerie, le bien-être animal est toujours pris en compte par l'établissement dans l'aménagement des enclos. Le MNHN privilégie ainsi les espèces de petite et moyenne tailles à la ménagerie (pandas roux, panthères des neiges, oryx d'Arabie, orangs-outans, outardes, grues à cou blanc ou encore tortues des Seychelles), et n'héberge que très peu d'espèces de grande taille pour lesquelles le site est moins adapté. Les missions de conservation de la ménagerie du Jardin des plantes s'incarnent notamment dans sa participation à la réintroduction d'espèces menacées comme l'oryx d'Arabie en Arabie Saoudite ou l'outarde canepetière, un des oiseaux les plus menacés des plaines cultivées de France. Par ailleurs, le centre de recherche de la ménagerie veille sur de nombreuses espèces menacées : 32 d'entre elles (soit 23 de mammifères, 8 d'oiseaux, une de reptile) font l'objet d'EEP (programme d'élevage européen) et 22 (soit 11 de mammifères, 8 d'oiseaux, 2 de reptiles) font partie de studbooks européens qui constituent un deuxième niveau de programme d'élevage pour les espèces menacées. Les actions des professionnels du comportement animal et de la biologie et des scientifiques qui exercent au sein de la ménagerie (soigneurs animaliers, vétérinaires, équipes scientifiques) sont des prérequis indispensables du bien-être animal. Conscient que la qualité des conditions d'hébergement des animaux sauvages à la ménagerie dépend fortement de la qualité de ses bâtiments, tous classés aux monuments historiques depuis 1993, le MNHN met en œuvre d'importants projets d'amélioration de l'habitat animal déclinés dans la stratégie pluriannuelle immobilière du MNHN, notamment la rénovation de l'enclos des reptiles (ce bâtiment a été fermé au public et vidé de ses animaux depuis 2019) et la création d'espaces extérieurs adaptés aux orangs-outans de Bornéo au sein de la singerie. Ce projet d'agrandissement, au demeurant complexe, doit permettre le maintien des orangs-outans sur le site. En dépit du contexte budgétaire dégradé induit par la crise sanitaire, le MNHN maintiendra ces opérations de rénovation jugées stratégiques, conformément à la trajectoire arrêtée dans son projet de schéma pluriannuel de stratégie immobilière (SPSI) pour 2018-2022. À cette fin, les ministères de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation (MESRI) et de la transition écologique (MTE) apporteront un soutien financier à l'établissement qui consacra 23,5 M€ à ses dépenses d'investissement en 2021 : - la subvention d'investissement versée par le MESRI est augmentée en 2021, passant de 9,2 M€ à 13,8 M€, ce qui permettra au MNHN de sécuriser dans la durée les opérations de rénovation et d'aménagement de la ménagerie ; - une aide exceptionnelle, créée par la loi de finances rectificative n°2 pour 2020 pour les parcs zoologiques, d'un montant de 500 000 euros a été déployée par le MTE pour financer l'alimentation et le soin aux animaux des sites du MNHN, dont la ménagerie. Pour développer sa stratégie, les équipes du MNHN bénéficient par ailleurs de l'expérience tirée de la rénovation complète du PZP, lequel a rouvert ses portes en avril 2014 et accueille aujourd'hui plus de 2 000 animaux sur une surface de plus de 14 hectares.