Lorsque le drapeau européen est positionné sur un édifice public, le drapeau national doit être positionné à la place d'honneur. Le drapeau européen vient donc en deuxième position dans l'ordre protocolaire et se place à la droite du drapeau national (c'est-à-dire à gauche lorsque l'on regarde l'édifice). Lors de la visite de personnalités étrangères il est de tradition d'honorer les invités en disposant de manière temporaire le drapeau de l'Etat correspondant à côté du drapeau français. En cas de pavoisement à trois drapeaux, le drapeau tricolore devra être placé à la place d'honneur, c'est-à-dire au milieu. Le drapeau d'un Etat étranger arrive en deuxième position dans l'ordre protocolaire et doit donc être placé à sa droite (à gauche en regardant l'édifice). Le drapeau européen est lui placé en troisième position de l'autre côté, c'est-à-dire à droite lorsque l'on est face à l'édifice.