Les personnes pour lesquelles la vaccination contre la COVID-19 est contre-indiquée peuvent demander à leur médecin traitant un certificat médical pouvant être présenté dans les lieux, services, établissements et événements où le passe sanitaire est exigé. Si le médecin diagnostique chez le patient l'une des pathologies listées à l'annexe II du décret du 1er juin 2021 prescrivant les mesures générales nécessaires à la gestion de la sortie de crise sanitaire, il doit établir un certificat de contre-indication. Afin que les médecins puissent prendre en compte d'autres situations médicales susceptibles de justifier une contre-indication à la vaccination contre la COVID-19 autre que celles listées par le décret du 1er juin, le décret n° 2021-1413 du 29 octobre 2021 fixe une procédure spécifique. Ainsi, un patient qui présenterait l'une de ces contre-indications très rares doit se rapprocher du Centre de Référence ou de Compétence Maladies Rares (CRMR ou CCMR) qui le suit. Si le patient n'est plus suivi par un CRMR ou CCMR, le médecin traitant pourra contacter la Filière de Santé Maladies Rares (FSMR) correspondant à la maladie du patient, qui l'orientera vers le CRMR ou CCMR compétent. Celui-ci rendra son avis sur l'opportunité et l'innocuité de la vaccination contre la COVID-19 pour le patient. S'il conclut à une contre-indication vaccinale, le CRMR transmettra son avis au médecin conseil de la caisse d'assurance maladie du patient pour l'édition du passe sanitaire ainsi qu'à son médecin traitant pour l'informer. En cas de besoin, le médecin traitant peut se rapprocher du référent maladie rare de son agence régionale de santé de rattachement afin d'obtenir les coordonnées de la FSMR compétente.