L'agriculture est au cœur des problématiques de gestion des ressources en eau et des milieux aquatiques. L'eau est un intrant indispensable à l'agriculture, menacé par le changement climatique. En retour, l'agriculture a un impact sur le bon état des eaux, tant au niveau de la qualité que de la quantité des eaux. Si des améliorations significatives ont été constatées dans certaines situations, par exemple avec la diminution des concentrations en nitrates dans les eaux superficielles en Bretagne, des progrès restent nécessaires. Enfin, les agriculteurs sont les principaux gestionnaires de l'espace rural et de ses milieux naturels, dont les milieux aquatiques. Plusieurs actions des pouvoirs publics visent la diminution de l'impact de l'agriculture sur l'eau : accompagnement des changements de pratiques notamment via les outils de la politique agricole commune, mise en œuvre de la directive cadre sur l'eau, dispositions réglementaires encadrant les activités agricoles, dont par exemple les programmes d'actions « nitrates » et les dispositions encadrant la mise sur le marché et l'utilisation des produits phytosanitaires, fiscalité à travers les redevances des agences de l'eau, soutien à des démarches volontaires, etc. Dans le cadre des états généraux de l'alimentation, le Gouvernement s'est fortement engagé pour la promotion de choix alimentaires favorables pour la santé et respectueux de l'environnement. En particulier, le Gouvernement veillera à la mise en œuvre des engagements environnementaux des plans de filière et à la réduction progressive de l'utilisation des produits phytosanitaires, via un plan Ecophyto revisité. Un nouveau plan ambition bio sera également engagé. En ce qui concerne la gestion quantitative de l'eau, le Gouvernement a fait une communication sur l'eau le 9 août 2017 qui porte sur la gestion de la rareté de l'eau et comprend un certain nombre d'actions ciblées vers l'agriculture.