En application de l'article L. 2121-3 du code des transports, les régions sont les autorités organisatrices compétentes pour l'organisation des services de transport ferroviaire de voyageurs d'intérêt régional (TER), ainsi que des services routiers effectués en substitution de ces services ferroviaires. A ce titre, elles fixent le contenu du service, notamment le plan de transport, la tarification et les objectifs de qualité de service. Pour l'exécution du service, les régions concluent des contrats de service public avec l'exploitant qui précisent les conditions techniques, commerciales et financières de sa réalisation. Ces contrats, obligatoirement attribués après mise en concurrence à compter de décembre 2023, sont jusqu'à présent tous confiés à SNCF Voyageurs, en vertu de son monopole historique. Les plans de transport des services ferroviaires circulant sur le réseau ferroviaire national sont établis en fonction des capacités de l'infrastructure disponible, dénommées « sillons », réparties par SNCF Réseau qui en est le gestionnaire et qui, en application de l'article L. 2111-9 du code des transports, a également pour mission notamment la gestion opérationnelle des circulations, la maintenance et le développement de ce réseau. Dans ce cadre, les grilles horaires des TER sont établies par les Régions en fonction de l'analyse qu'elles font des besoins de mobilité des usagers et en tenant compte aussi des contraintes particulières d'exploitation et du programme des travaux d'infrastructure qu'elles étudient avec l'entreprise ferroviaire et le gestionnaire du réseau. Or, la réalisation effective de ces plans de transport est soumise à des aléas et des incertitudes qui peuvent engendrer des retards et des annulations. Cela peut aussi s'expliquer, en particulier lors du lancement d'un nouveau service ferroviaire, par la difficulté à bien calibrer ex ante certaines hypothèses relatives par exemple à la capacité de l'infrastructure ferroviaire ou à la disponibilité des rames. Dans ce cas, sous la supervision des régions, l'entreprise ferroviaire et le gestionnaire du réseau définissent des plans d'actions pour remédier aux dysfonctionnements constatés. Ces plans d'actions peuvent, comme dans le cas des services ferroviaires du REME, récemment lancés, aboutir au choix de réduire le plan de transport afin de le rendre plus fiable et robuste et de l'augmenter progressivement ensuite, en fonction des retours d'expérience.