Les comités médicaux sont régis par les dispositions du décret 87-602 du 30 juillet 1987 prispour l'application de la loi 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives àla fonction publique territoriale et relatif à l'organisation des comités médicaux, aux conditions d'aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux. Ainsi, le comité médical est chargé de donner un avis médical permettant à l'autorité de laquelle relève l'agent de prendre une décision, sous réserve des cas d'avis du comité qui lie l'autorité territoriale et qui sont énoncés dans la circulaire du 13 mars 2006 relative à la protection sociale des fonctionnaires territoriaux nommés dans des emplois permanents à temps complet ou à temps non complet contre les risques maladie et accidents de service. Le comité médical est institué dans chaque département auprès du représentant de l'Etat qui est donc chargé de garantir le fonctionnement efficace des ces instances. La circulaire sus mentionnée indique explicitement que la prise en considération des délais d'instruction comme gage de bonne gestion est essentielle et rappelle également que le comité doit se réunir aussi souvent que nécessaire.Toutefois, introduire un délai maximal d'instruction des dossiers pourrait s'avérer préjudiciable à la qualité de l'examen médical mené par le comité. Par ailleurs, il importe qu'à l'échelle du département, une seule et même instance médicale demeure compétente à l'égard de l'ensemble des agents de la fonction publique territoriale. Compte tenu de ces éléments, il n'est pas envisagé de modifier la procédure actuelle. En revanche, un des axes de l'accord santé et sécurité au travail dans la fonction publique signé en 2009 prévoit l'amélioration du fonctionnement des instances médicales et notamment des délais d'instruction des dossiers. Dans ce cadre, un guide des bonnes pratiques est en cours d'élaboration.