Sous l'autorité du secrétariat général à la défense et à la sécurité nationale (SGDSN), un plan national de prévention et de lutte « pandémie grippale » a été élaboré en octobre 2011. Ce document d'aide à la préparation et à la décision actualise le document de 2009. Ce plan qui décrit la stratégie de l'État inclut le déclenchement de plan de continuité pour les administrations concernées. Pour le ministère des affaires étrangères, l'objectif est d'être en mesure de fonctionner en « mode dégradé ». Les fonctions essentielles et les priorités opérationnelles ont été définies, ainsi que l'effectif minimum nécessaire. Le télétravail sera privilégié au vu des déploiements d'outils de mobilité effectués au profit des agents. En cas de besoin, des sites de regroupements peuvent être mis en place pour le personnel. La coordination est faite au travers du réseau des correspondants de sécurité de l'administration centrale.