Le système de redevances des agences de l'eau prévoit que chaque prélèvement d'eau dans le milieu fasse l'objet d'une compensation financière. Il s'agit par là d'encourager les pratiques économes en eau afin de préserver les milieux aquatiques. Les prélèvements liés à l'irrigation de montagne doivent bien sûr respecter ce principe, mais en faisant en sorte que la charge fiscale reste soutenable. C'est pourquoi la loi prévoit, entre autres, des taux plafonds relativement bas pour l'irrigation de montagne. Ces redevances prélevées par les agences permettent ensuite de soutenir financièrement les agriculteurs et en particulier les irrigants de montagne pour l'optimisation des rendements de leurs réseaux d'irrigation mais aussi pour la recherche de pratiques plus économes en eau. C'est l'illustration du principe de « l'eau paie l'eau » qui constitue l'un des principes fondateurs de la politique de l'eau. A l'occasion des débats parlementaires sur la loi de finances pour 2013, le Gouvernement s'était engagé, notamment auprès des parlementaires représentant l'Association nationale des élus de la montagne, à mieux prendre en compte les services rendus par les canaux d'irrigation traditionnels en montagne, en particulier en ce qui concerne la gestion de l'écoulement des eaux. Dans ce cadre, il est difficile d'envisager une exonération totale de redevance pour les canaux d'irrigation en montagne, alors qu'il y a bien prélèvement et usage de l'eau. Si la règle générale doit s'appliquer, en revanche le Gouvernement se doit d'aider les irrigants à améliorer le rendement de leur réseau, en diminuant les fuites, et en faisant en sorte qu'ils ne payent que le prélèvement utile pour l'irrigation. Cette volonté devra se concrétiser par le biais des « contrats de canaux », qui pourront bénéficier d'un soutien financier des agences de l'eau, comme, par exemple, le contrat de canal de Gignac qui a bénéficié d'un appui de l'agence de l'eau Rhône Méditerranée de 4 millions d'euros.