Le décret n° 2013-227 du 15 mars 2013 modifie la gouvernance de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture (APCA) et institue un conseil d'administration dont les membres sont élus par la session. En parallèle, le bureau de l'APCA est désormais élu par le conseil d'administration et passe de quinze à dix membres. Suite aux élections générales des membres des chambres d'agriculture qui se sont déroulées au début de l'année 2013, la session d'installation de l'APCA s'est réunie le 20 mars 2013. C'est à cette occasion que les trente-sept membres du conseil d'administration ont été élus. Chaque région est représentée au sein de cette instance par un membre. En application des dispositions du décret, les régions qui bénéficient d'un représentant supplémentaire sont les suivantes : Aquitaine, Auvergne, Bourgogne, Bretagne, Centre, Champagne Ardenne, Languedoc-Roussillon, Lorraine, Midi Pyrénées, Normandie, Pays de la Loire, Poitou-Charentes, Provence-Alpes-Côte d'Azur et Rhône-Alpes. La première réunion du conseil d'administration s'est tenue le 16 avril 2013. Le conseil d'administration se réunit régulièrement ; il s'est réuni six fois depuis le mois d'avril. Les délibérations adoptées par le conseil d'administration dans le cadre de ses attributions propres ou déléguées par la session sont systématiquement transmises au ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt. Cette nouvelle gouvernance renforce l'ancrage territorial et en particulier régional de la gouvernance du réseau des chambres d'agriculture.