Des dérogations à l'interdiction de capture ou de destruction (art. 9 de la convention de Berne et art. 16 de la directive dite habitats, faune, flore) peuvent être accordées à condition, notamment, que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle. L'une des missions du suivi biologique de la population de loups vise précisément à caractériser le statut de conservation du loup en France, au regard tant de la connaissance biologique que des textes en vigueur en matière de protection de l'espèce. Il permet d'évaluer annuellement son état de conservation, qualifié de « favorable » depuis 2007, et de garantir par conséquent le respect du maintien de cet état. La Commission européenne a soutenu la rédaction d'un guide proposant des lignes directrices (« guidelines ») pour la gestion des grands carnivores en Europe. Ce sont les notions présentées dans ce guide qui sont exposées de manière synthétique dans le plan d'action loup 2013-2017. Le concept de viabilité de population est en premier lieu décliné du point de vue de ses composantes démographique et génétique. La viabilité écologique est enfin présentée comme une composante additionnelle se référant aux interactions entre une espèce et son environnement. L'aire de répartition est également abordée sous l'angle de sa contribution à la qualification de l'état de conservation. À la notion d'« aire de référence favorable » sont associés des enjeux en termes de qualité des habitats et de connectivité. Le document souligne en définitive : - que la conservation d'une espèce dépasse largement la simple prévention de son extinction ; - que les objectifs fixés par la directive dite habitats, faune, flore n'invitent pas les États membres à viser la simple atteinte d'un seuil minimum de viabilité de la population, mais imposent bien le maintien du statut de conservation décrit comme favorable au titre de critères allant au-delà d'un effectif minimum ; - mais que les principes de souplesse et de proportionnalité permettent dans le même temps aux États membres responsables de la conservation d'une population d'une espèce donnée de questionner le niveau d'état favorable qu'il est nécessaire d'atteindre et de maintenir : la France s'est ainsi engagée, dans le cadre du plan loup pour la période 2013-2017, à user de toutes les marges de manoeuvre pour lutter contre la pression de prédation, dans chacune des situations locales le justifiant.