En complément des 1310 équivalents temps pleins travaillés (ETP-T) en charge du contrôle permanent des établissements d'abattage, le ministère en charge de l'agriculture consacre, en 2014, 1068 ETP-T au contrôle de près de 500 000 établissements de production et de distribution des aliments. Après une phase de réduction dans le cadre de la RGPP entre 2007 et 2012, ceux-ci ont été stabilisés en 2013. Dans un contexte de moyens contraints, la politique de contrôle de la sécurité sanitaire des aliments du ministère repose sur une programmation des contrôles officiels en fonction du risque, conformément aux exigences fixées par le règlement européen (CE) n° 882/200 du Parlement européen et du Conseil du 29 avril 2004 relatif aux contrôles officiels effectués pour s'assurer de la conformité avec la législation sur les aliments pour animaux et les denrées alimentaires et avec les dispositions relatives à la santé animale et au bien-être des animaux. Les inspections réalisées dans les établissements prennent notamment en compte toutes les matières premières alimentaires, y compris celles provenant d'un autre État membre. Le rapport de la Cour des comptes recommande le renforcement des contrôles à destination. Ces contrôles, mis en place au moment de l'instauration du marché unique, ont pour objectif de vérifier, par sondage non discriminatoire, que les produits introduits sur le territoire national en provenance d'un État membre respectent la réglementation de l'Union européenne. Toutefois, la majorité des risques identifiés pour le commerce international concerne les produits importés de pays tiers : les non-conformités sont tendanciellement plus élevées. C'est donc en ce sens que les contrôles du ministère en charge de l'agriculture seront renforcés. Les contrôles à destination seront poursuivis, en cohérence avec la politique de contrôle des établissements agroalimentaires.