Le secrétariat de la commission nationale d’agrément des associations représentant les usagers dans les instances hospitalières ou de santé publique est assuré par la division des droits des usagers et des affaires juridiques et éthiques de la direction générale de la santé qui occupe un fonctionnaire de catégorie A et un fonctionnaire de catégorie B à temps partiel. La commission siège en moyenne une fois par mois. Les membres ne sont pas rémunérés mais leurs frais de déplacement sont remboursés. Deux membres résident en province, le montant du remboursement des frais de déplacement s’est élevé à 1584 euros en 2014. Le président perçoit une indemnité de fonction attribuée par arrêté du 13 juin 2006 publié au JO du 30/06/2006. En 2014, cette indemnité s’est élevée pour l’année à 2250 euros brut.