Concernant les relations économiques avec Israël, l'accord d'association signé le 20 novembre 1995 entre l'Union européenne, ses Etats-membres et ce pays ne s'applique qu'au territoire israélien (art. 83), ce qui, pour l'Union européenne, exclut les territoires occupés en 1967. Les lignes directrices de la Commission européenne entrées en vigueur le 1er janvier 2014 visent à garantir que les différents programmes et aides de l'UE ne bénéficient pas à des activités développées dans les colonies israéliennes. Elles mettent en application la position constante de l'Union européenne et de la France, exprimée à de nombreuses reprises par le Conseil Affaires étrangères, notamment dans ses conclusions du 18 janvier 2016, selon laquelle Israël doit - conformément au droit international - être clairement distingué des Territoires occupés. Il a été pleinement tenu compte de ces principes dans la négociation sur la participation d'Israël au programme européen de recherche "Horizon 2020". L'Union européenne et Israël sont parvenus, le 26 novembre 2013, à un accord garantissant que les dispositions de ce programme ne s'appliqueraient pas aux Territoires occupés par Israël depuis juin 1967. La France fait donc preuve de la plus grande vigilance dans l'application de ses accords bilatéraux avec Israël et veille à ce qu'aucune entité israélienne menant des activités dans les colonies ne bénéficie de subventions françaises. En parallèle, la France a publié des recommandations mettant en garde contre les risques financiers, juridiques et de réputation liés à la poursuite d'activités dans les colonies. S'agissant de la notice interprétative sur les indications d'origine des biens produits dans les territoires occupés par Israël depuis juin 1967, qui constituent une mesure de transparence pour le consommateur, le ministère des finances, qui a été saisi, est en train d'en assurer la mise en œuvre.