L'analyse de l'ADN environnemental (ADNe) permet actuellement de déterminer, essentiellement à l'initiative des organismes de recherche, la diversité des espèces dans le sol, les écosystèmes continentaux - dont les milieux aquatiques - et les océans. Cette méthodologie combine plusieurs avantages par rapport aux méthodes d'inventaires classiques : standardisation (extraction de l'ADNe, amplification, séquençage, analyse bioinformatique) et mise en place quel que soit le milieu permettant des comparaisons intra ou inter-écosystèmes. D'un point de vue scientifique et technique, la France est en avance car nos laboratoires, sollicités pour de nombreuses collaborations internationales, ont développé des méthodes innovantes permettant d'aller vers ou d'atteindre la réalisation d'inventaires de la biodiversité. D'un point de vue opérationnel, pour une utilisation en routine par des gestionnaires de la biodiversité, seules quelques rares start-up françaises (deux à ce jour) proposent le service ADNe dans un contexte international où la concurrence n'est pas encore très performante. L'institut national de la recherche agronomique (INRA), le centre national de la recherche scientifique (CNRS) et leurs partenaires académiques se sont fortement investis pour structurer, animer et coordonner la communauté scientifique en sciences de l'environnement autour de la révolution du séquençage haut débit. Le domaine de la génomique environnementale s'est ainsi fortement développé et a positionné l'expertise française en tant que leader dans ce domaine. Le développement méthodologique a permis de produire et/ou d'envisager à court terme, selon le type de milieu, des inventaires de la biodiversité. La publication du premier ouvrage sur l'ADN environnemental par des chercheurs français (P. Taberlet, A. Bonin, L. Zinger, E. Coissac (2018) « Environmental DNA for biodiversity research and monitoring », Oxford University Press) montre le savoir-faire de nos scientifiques dans ce domaine. Par ailleurs, la France est à la pointe de la recherche internationale, notamment pour la caractérisation de la diversité des microorganismes (bactéries et champignons). Ceci est dû à un fort investissement depuis 20 ans dans l'étude de l'ADNe relatif à ces microorganismes qu'il est par ailleurs impossible d'étudier de façon exhaustive en utilisant les techniques classiques. En l'associant aux réseaux d'observation des sols à l'échelle nationale (type réseau de mesures de la qualité des sols - RMQS), il a été possible ainsi d'étudier la distribution de la diversité microbienne à l'échelle de la France permettant une cartographie sans équivalent à l'étranger. Le premier « Atlas français des bactéries du sol », qui n'a pas d'équivalent dans d'autres pays du monde, sera d'ailleurs publié. Il faut souligner également que la recherche française organise tous les ans une école thématique « Metabarcoding » qui attire de nombreux chercheurs de toutes les nationalités et s'exporte très largement au-delà des frontières européennes, et que les analyses d'ADNe par metabarcoding ont bénéficié d'un soutien du CNRS, de l'INRA et du Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN) en partenariat avec le commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) autour du programme « Bibliothèque du vivant » qui est le consortium français du « Barcode of Life ». Enfin, il existe un groupe de recherche CNRS « Génomique environnementale » qui est très actif et structure la communauté française sur ces sujets et des plateformes analytiques d'ADNe portées par des laboratoires académiques sont membres du réseau « Analyses et expérimentations pour les écosystèmes », en cours d'extension à l'échelle européenne.