Le financement de l'enseignement agricole privé du rythme « temps plein » est assuré par un protocole financier pluriannuel, conclu entre l'État et les fédérations, dont le conseil national de l'enseignement agricole privé (CNEAP). Le protocole actuel a été conclu en 2013 et s'achèvera au 31 décembre 2017. La négociation du protocole 2018-2022 est en cours et doit aboutir pour la fin de l'année. Ce protocole définit notamment un montant plafond, constant sur toute la période d'application. Ce montant plafond permet à l'État de rester dans une enveloppe budgétaire constante sur l'ensemble de la période et permet dans le même temps aux établissements d'enseignement agricole privés du « temps plein » de bénéficier d'un montant garanti, quelle que soit la variation de leurs effectifs et les contraintes budgétaires. La contrepartie de cette garantie est effectivement une couverture partielle des coûts théoriques. En outre, l'État met à disposition du privé du « temps plein » les effectifs enseignants, soit 5 000 agents environ pour un coût pour l'État de 242 M€ (projet de loi de finances 2018). Sur la période 2012 à 2017, 210 postes ont ainsi été créés au profit de l'enseignement privé du « temps plein ». Compte tenu de ces éléments qui précèdent, le ministère de l'agriculture et de l'alimentation ne partage pas les chiffres indiqués par le CNEAP, dans la mesure où la fédération se base sur une méthode d'évaluation des coûts différente de celle retenue par l'État. Il apparaît en effet que pour l'année 2002, le taux de couverture du coût théorique basé sur l'enquête quinquennale de 2001 n'est pas de 100 % mais de 75,8 % des coûts théoriques, avec une subvention de fonctionnement versée aux établissements du CNEAP de 87,2 M€.  En 2016, le taux de couverture du coût théorique calculé par référence à l'enquête quinquennale de 2012 est de 78,4 % au lieu de 64 %, avec une subvention de 116 M€ versée aux établissements affiliés au CNEAP. Sur la période 2012-2017, compte tenu de la baisse des effectifs, la subvention publique à l'élève [titre 2 (T2) et hors T2] apparaît plus dynamique pour le privé (+ 15 % en 2017 par rapport à 2012) comparé au public (+ 10 % en 2017 par rapport à 2012). L'écart de la dotation par élève entre le public et le privé s'est donc réduit sur cette période. En 2002, l'État a versé aux établissements du privé « temps plein » une subvention de 95,8 M€ au titre du protocole et 191,7 M€ au titre de la masse salariale, soit un montant total de 287,5 M€ pour 54 405 élèves, ce qui représente une dépense par élève de 5 284 €. En 2017, le privé du « temps plein » a reçu au titre du protocole une subvention de 126,8 M€ et 236,4 M€ au titre de la masse salariale des enseignants, soit un total de 363,2 M€ pour 50 921 élèves, ce qui représente une dépense par élève de 7 133 €. Ainsi, la dépense par élève supportée par l'État a augmenté de 35 % en euros courants. Enfin, le ministère de l'agriculture et de l'alimentation reconnaît la contribution essentielle de l'enseignement privé au service public de l'éducation dans le 6ème schéma national prévisionnel des formations qui constitue le cadre stratégique de l'enseignement agricole.Dans cet esprit, les négociations menées avec le CNEAP pour le nouveau protocole 2018-2022 visent à améliorer encore le soutien de l'État à l'enseignement privé en dépit d'un cadre budgétaire contraint et de la baisse de leurs effectifs.