Depuis son retour naturel en France en 1992, la population de loups connaît une augmentation régulière et elle est maintenant présente dans 35 départements. La nécessité de s'assurer du bon état de conservation, prévue par la convention de Berne et la directive 92/43/CEE dite « Habitats, Faune, Flore », a conduit le Gouvernement à confier le suivi de la population à l'office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS). Dans ce cadre, l'ONCFS a instauré un réseau Loup-Lynx constitué de plus de 3 000 correspondants et un réseau de « sentinelles » a été mis en place dans l'Yonne afin de suivre l'implantation éventuelle de l'espèce. À ce stade, aucun indice de présence, régulière ou occasionnelle, n'a été décelé dans le département, contrairement à la Nièvre et à la Côte-d'Or. Toutefois, 7 attaques pour lesquelles la responsabilité du loup n'est pas écartée ont été constatées en 2018 et 30 victimes ovines ont été indemnisées à ce titre. Elles pourraient provenir d'un individu en dispersion (jeune adulte en quête d'un territoire). Le plan national d'actions « loup et activités d'élevage » prévoit des mesures pour les fronts de colonisation, afin que l'information puisse être apportée aux acteurs concernés par l'impact du loup. Ainsi une cellule de veille pilotée par le préfet permet d'accompagner les éleveurs confrontés à la prédation sur leur troupeau. Pour favoriser une bonne information sur l'évolution de la population de loup et la biologie de l'espèce, l'ONCFS a lancé un nouveau site internet : www.loupfrance.fr, qui permet de disposer de données validées et actualisées.