L'article 244 quater C du code général des impôts (CGI) réserve le bénéfice du crédit d'impôt pour la compétitivité et l'emploi (CICE) aux entreprises imposées d'après leur bénéfice réel ou exonérées au titre de certains régimes d'exonération transitoires limitativement énumérés. Or, conformément aux dispositions de l'article 206-1 du CGI, les sociétés coopératives agricoles et leurs unions, les sociétés coopératives artisanales et leurs unions, les coopératives d'entreprises de transports, les coopératives de transport fluvial ainsi que les coopératives maritimes et leurs unions entrent dans le champ d'application de l'impôt sur les sociétés (IS). Néanmoins, elles sont exonérées d'IS de façon pérenne pour les opérations qu'elles réalisent avec des non-sociétaires en application des 2°, 3° et 3° bis du 1 de l'article 207 du CGI. Le législateur avait conditionné le bénéfice du CICE au titre de ces activités exonérées à une déclaration de comptabilité avec le droit de l'Union européenne par la Commission européenne. Or, cette dernière a rendu un avis négatif, considérant que l'extension du crédit d'impôt aux organismes relevant de l'article 207 du CGI était contraire au droit des aides d'État. Par suite, les sociétés coopératives ne peuvent bénéficier du CICE qu'au titre des rémunérations versées à leurs salariés affectés à leurs activités soumises à l'IS. Néanmoins, conformément aux engagements présidentiels et au discours de politique générale du Premier ministre, le CICE a vocation à être remplacé, à compter de 2019, par un allègement de cotisations sociales qui bénéficiera non aux seuls redevables de l'IS ou de l'impôt sur le revenu (IR) mais à l'ensemble des employeurs, y compris aux coopératives mentionnées.