Dans une décision n° 90-280 DC du 6 décembre 1990, le Conseil constitutionnel a indiqué que la tenue de scrutins simultanés devait « s'accompagner de modalités matérielles d'organisation destinées à éviter toute confusion dans l'esprit des électeurs ». Afin de faciliter le déroulement des opérations électorales des 20 et 27 juin 2021, il a été permis aux communes qui le souhaitaient d'organiser les deux élections dans la même salle de vote dès lors que celle-ci était suffisamment grande et que l'organisation de l'espace permettait de distinguer clairement les deux scrutins et ainsi d'éviter toute confusion dans l'esprit des électeurs et toute altération de la sincérité du scrutin (instruction INTA2110958C du 28 avril 2021). La partie de la salle de vote réservée aux élections départementales devait être nettement séparée de celle affectée aux élections régionales et chacune des deux parties du lieu de vote devait être aménagée en bureau de vote autonome doté des matériels habituels. Pour respecter ces exigences, l'ensemble du matériel électoral devait ainsi être dédoublé. S'agissant des urnes électorales, l'utilisation d'une urne unique pour deux scrutins différents est prohibée, du fait des risques de fraude ou d'erreurs afférents, susceptibles d'altérer la sincérité du scrutin. Les urnes devaient donc impérativement être dédoublées pour la tenue des élections des 20 et 27 juin. En revanche, afin de faciliter l'organisation des opérations électorales, il a été décidé de permettre une mutualisation partielle des membres des bureaux de vote lorsque les deux scrutins avaient lieu dans une même salle de vote. Ainsi, l'article 3 du décret n° 2021-118 du 4 février 2021 a prévu que les fonctions de président et de secrétaire du bureau de vote pouvaient être mutualisées pour les deux scrutins lorsque ceux-ci avaient lieu dans une même salle. En revanche, il a été décidé de ne pas permettre la mutualisation des fonctions d'assesseurs pour les deux scrutins. En effet, le dédoublement des opérations électorales au sein d'un même lieu de vote implique le dédoublement des urnes ainsi que des listes d'émargement. Le maintien de deux assesseurs au moins par scrutin est de nature à garantir un contrôle efficace du déroulement des opérations de vote et ainsi de prévenir tout dysfonctionnement susceptible de porter atteinte à l'intégrité du scrutin et, partant, de fragiliser celui-ci. De façon générale, l'organisation des élections régionales et départementales, qui se sont tenues de manière simultanée les 20 et 27 juin 2021, constituait un triple défi pour les communes, l'Etat et les entreprises intervenant dans le processus électoral. Il s'agissait tout d'abord d'un défi sanitaire, puisque la situation épidémique rendant nécessaire l'adoption des mesures sanitaires spécifiques. C'était aussi un défi organisationnel puisque le double scrutin, qui implique le dédoublement des opérations électorales, a été reporté à deux reprises – de trois mois puis d'une semaine –, ce qui a rendu nécessaire des réorganisations rapides et massives pour l'ensemble des parties prenantes. L'organisation de ces élections simultanées représentait enfin un défi logistique d'ampleur lié au dédoublement des plis électoraux, notamment entre les deux tours dès lors qu'il était impératif d'imprimer, de mettre sous pli et de distribuer près de 100 millions de plis électoraux sur 5 jours. Malgré la forte mobilisation des services du ministère de l'intérieur, des incidents ont été constatés dans les opérations de mise sous pli et de la distribution de la propagande électorale. Ils ont conduit à ce que de nombreux électeurs ne reçoivent pas l'un et/ou l'autre de ces plis de propagande pour le premier ou le second tour. Au vu des défaillances observées dans la mise sous pli de la propagande électorale, des conclusions ont été tirées de ces dysfonctionnements, afin de sécuriser les élections futures. Le ministre de l'Intérieur a en particulier résilié le contrat avec l'un des deux prestataires de l'acheminement et décidé de faire réaliser la mise sous pli directement par les préfectures sans possibilité de la déléguer à un prestataire extérieur.