La maison centrale de Clairvaux est confrontée à de nombreux problèmes de fonctionnalité, de vétusté et de sûreté pénitentiaire. La capacité d'accueil a ainsi régulièrement diminué, passant entre 2009 et 2016 de 239 à 198 places. Au moment où la fermeture a été décidée en 2016, l'effectif réel s'établissait à seulement 125 personnes détenues, soit un taux d'occupation de 63%. Par ailleurs, l'isolement géographique de l'établissement nuit à la prise en charge des détenus en termes de maintien des liens familiaux, d'accessibilité aux soins spécialisés, ou de parcours d'exécution de peine en raison des difficultés à proposer des formations professionnelles, du travail pénitentiaire (en dehors des postes offerts par la régie industrielle des établissements pénitentiaires) ou du soutien local en matière d'accompagnement à la sortie. La fermeture définitive de la maison centrale de Clairvaux interviendra à l'horizon 2022, à l'ouverture du futur centre pénitentiaire de Troyes. Durant cette phase, la capacité d'accueil sera maintenue à 80 personnes détenues et l'organigramme de référence comprendra 100 personnels de surveillance, dont 85 surveillants, l'établissement restant une maison centrale. Aux termes des travaux actuels, qui doivent s'achever en début d'année 2018, la détention sera concentrée dans un bâtiment compartimenté permettant un régime semi-différencié. Les cinq ans à venir doivent permettre de préparer la reconversion du site, en concertation avec les ministères concernés, les différents services de l'Etat sur le territoire, et les collectivités territoriales.