Le financement de l'enseignement agricole privé du temps plein est assuré par des protocoles financiers pluriannuels, conclus entre l'État et les fédérations, dont le conseil national de l'enseignement agricole privé (CNEAP). Le protocole actuel a été conclu en 2013 et s'est achevé au 31 décembre 2017. La négociation du protocole 2018-2022 est en cours et doit aboutir prochainement. Ces protocoles définissent notamment un montant plafond, constant sur toute la période d'application. Ce montant plafond permet à l'État de rester dans une enveloppe budgétaire constante sur l'ensemble de la période et permet dans le même temps aux fédérations de l'enseignement privé du temps plein de bénéficier d'un montant garanti, quelle que soit la variation de leurs effectifs et les contraintes budgétaires. La contrepartie de cette garantie est une couverture partielle des coûts théoriques maximaux établis en référence à une enquête quinquennale réalisée en application du code rural et de la pêche maritime sur la base des coûts observés dans le public. En outre, l'État met à disposition du privé du temps plein les effectifs enseignants, soit 4 800 agents environ pour un coût de 242 millions d'euros (loi de finances 2018). Sur la période 2012 à 2017, 210 postes ont été créés au profit de l'enseignement privé du temps plein. Compte tenu des éléments qui précèdent, le ministère de l'agriculture et de l'alimentation ne partage pas les chiffres indiqués par le CNEAP, dans la mesure où la fédération se base sur une méthode d'évaluation des coûts différente de celle retenue par l'État. En effet, pour l'année 2002, le taux de couverture du coût théorique basé sur l'enquête quinquennale de 2001 n'est pas de 100 % mais de 75,8 % des coûts théoriques maximaux, avec une subvention de fonctionnement versée au CNEAP de 87,2 millions d'euros. En 2016, le taux de couverture du coût théorique calculé par référence à l'enquête quinquennale de 2012 est de 78,4 % au lieu de 64 %, avec une subvention de 116 millions d'euros versée au CNEAP. Pour l'année 2017, les fédérations du privé du temps plein ont reçu au titre du protocole une subvention de 126,8 millions d'euros et 236,4 millions d'euros au titre de la masse salariale des enseignants, soit un total de 363,2 millions d'euros pour 50 563 élèves, ce qui représente une dépense par élève de 7 183 €. Sur la période 2012-2017, compte tenu de la baisse des effectifs, la subvention publique à l'élève (titre 2 et hors titre 2) apparaît plus dynamique pour le privé (+ 15 % en 2017 par rapport à 2012) que pour le public (+ 10 % en 2017 par rapport à 2012). L'écart de la dotation par élève entre le public et le privé s'est donc réduit sur cette période. Le ministère de l'agriculture et de l'alimentation reconnaît la contribution essentielle de l'enseignement privé au service public de l'éducation dans le 6ème schéma national prévisionnel des formations qui constitue le cadre stratégique de l'enseignement agricole. Dans cet esprit, les négociations menées avec le CNEAP pour le nouveau protocole 2018-2022 visent à améliorer encore le soutien de l'État à l'enseignement privé en dépit d'un cadre budgétaire contraint et de la baisse de leurs effectifs observée au niveau national.