L'article 47-2 de la Constitution confie à la Cour des comptes une mission d'assistance du Parlement dans le contrôle de l'action du Gouvernement.
Cette mission d'assistance est, notamment, mise en œuvre par l'article 58 de la loi organique du 1er août 2001 relative aux lois de finances qui prévoit dans son 2° la possibilité pour la commission des finances de l'Assemblée nationale et du Sénat de demander à la Cour la réalisation de toute enquête sur la gestion des services ou organismes qu'elle contrôle. Les conclusions de ces enquêtes sont obligatoirement communiquées dans un délai de huit mois après la formulation de la demande à la commission dont elle émane, qui statue sur leur publication.
| Sujet de l’enquête | Rapporteur | Suivi |
| Enquêtes demandées sous la XVIe législature | ||
| Les certificats d’économie d’énergie | Mme Mathilde Paris puis M. David Amiel | |
| Les droits de succession | M. Mohamed Laqhila puis M. Charles de Courson | |
| 10 ans de politiques publiques en faveur de l’industrie | M. Benoît Mournet puis M. Jacques Oberti | |
| L’évolution de la répartition des impôts locaux entre ménages et entreprises et l’évolution de la (dé)territorialisation de l’impôt | M. Michel Sala puis M. Emmanuel Mandon | |
| La mobilisation des fonds européens en matière de recherche | M. Emmanuel Lacresse puis MM. Mickaël Bouloux et Pierre Henriet | |
| Enquêtes demandées sous la XVIIe législature | ||
| Le régime des plus-values immobilières des entreprises et des particuliers | M. Emmanuel Mandon | |
| Le modèle économique d’EDF | M. David Amiel | |
| Les agences de programme | MM. Mickaël Bouloux et Pierre Henriet | |
| Les amendes forfaitaires délictuelles | M. Nicolas Metzdorf | |
| La prestation de compensation du handicap | M. Jean-Didier Berger | |
| La gestion de la trésorerie de l’État et son coût | M. Kévin Mauvieux | |
| Le dispositif de responsabilité élargie des producteurs | ||
| Les finances des département | M. Emmanuel Mandon | |
| L’encadrement des loyers | M. François Jolivet | |
| Les retraites des fonctionnaires | M. Aurélien Le Coq | |