La compétence de gestion des milieux aquatiques et de prévention des inondations (Gemapi) a été créée et confiée aux établissements publics de coopération intercommunale (EPCI), notamment pour garantir la bonne gestion des ouvrages de protection contre les inondations, afin d'éviter de nouveaux drames comme celui lié à la tempête Xynthia, qui fit de nombreuses victimes. La Gemapi est donc essentielle pour la sécurité de nos concitoyens. La réforme Gemapi procède à une clarification, l'État demeure compétent pour définir les règles de sécurité et en contrôler l'application, et les autorités compétentes en matière de Gemapi définissent librement les digues qu'elles souhaitent intégrer en système d'endiguement ainsi que leur niveau de protection. Ce dernier est exprimé par exemple comme la cote maximale du cours d'eau en crue pour laquelle l'ouvrage est défini comme « résistant » (sans amenée d'eau) et sur lequel elles s'engagent. Les digues communales sont transférées aux EPCIs depuis le 1er janvier 2018. La règlementation a ménagé une période de transition pour leur permettre de prendre la décision d'intégrer ces ouvrages en systèmes d'endiguement. Si tel n'est pas le cas, les anciennes digues perdront alors toute reconnaissance dans la fonction de prévention des inondations. Elles devront alors faire l'objet d'une neutralisation comme le prévoit la loi afin que ces ouvrages, qui ne seront plus entretenus ni surveillés, ne risquent d'aggraver les risques pour les territoires (cas d'une rupture brutale incontrôlée en période de crue). L'entretien des berges des cours d'eau non domaniaux reste toujours de la compétence des propriétaires riverains. Les éventuels travaux de neutralisation des anciennes digues non pérennisées sont sans incidence sur cette obligation d'entretien. En pratique, ces travaux de neutralisation ne sont généralement pas de nature à mettre en cause la sécurité des abords. Ils font l'objet d'un porter à connaissance auprès du préfet avec tous les éléments d'appréciation : s'ils sont susceptibles d'affecter les berges, des mesures compensatoires devront être mises en œuvre pour maintenir la sécurité des abords des cours d'eau. Enfin, en 2023, le Gouvernement a spécifiquement prévu, dans le cadre du fonds vert, des aides visant à ce que les systèmes d'endiguement utiles à la protection contre les inondations ne soient pas abandonnés ou a contrario si c'est le choix de la collectivité titulaire de la compétence de ne pas maintenir dans le temps un ouvrage, de racheter les logements à l'arrière pour accompagner les habitants vers une zone non inondable.