Réponse publiée le 12 mai 2026

Pour les fonctionnaires, la reconnaissance d'une maladie professionnelle s'inscrit dans le cadre prévu par l'article L. 822-20 du code général de la fonction publique. Concernant le covid long, soit la maladie satisfait à l'ensemble des conditions du tableau n° 100 des maladies professionnelles mentionné au code de la sécurité sociale et bénéficie, à ce titre, de la présomption d'imputabilité ; soit elle ne satisfait pas à toutes les conditions de ce tableau (le fonctionnaire doit alors établir qu'elle est directement créée par l'exercice des fonctions) ou n'est inscrite à aucun tableau, mais elle peut néanmoins être reconnue, au terme de l'instruction, après avis du conseil médical compétent. Dans ce dernier cas, l'agent doit effectivement établir que la maladie est essentiellement et directement causée par l'exercice des fonctions et qu'elle est susceptible d'entraîner une incapacité permanente au moins égale à 25 %, condition qui peut, en pratique, constituer une difficulté dans certains parcours. Dans ces hypothèses (maladie non inscrite ou absence de satisfaction de l'ensemble des conditions prévues par le tableau), le médecin du travail établit un rapport à destination du conseil médical, lequel peut également s'appuyer sur une expertise d'un médecin agréé. À cet égard, si une liste de médecins agréés est établie dans chaque département par le préfet sur proposition du directeur général de l'agence régionale de santé, aucune disposition réglementaire ne restreint la compétence géographique des médecins agréés : il est donc possible, en tant que de besoin, de recourir à l'expertise d'un médecin agréé situé dans un autre département. Une fois l'avis rendu, l'administration se prononce sur l'imputabilité au service. L'avis du conseil médical rendu en matière de maladie professionnelle n'est pas susceptible de recours devant le conseil médical supérieur ; en revanche, la décision de l'administration peut faire l'objet d'un recours gracieux ou hiérarchique, ainsi que d'un recours contentieux devant le juge administratif. Lorsque l'imputabilité au service est reconnue, le fonctionnaire bénéficie notamment de la prise en charge des honoraires médicaux et frais directement entraînés par la maladie et, le cas échéant, d'un placement en congé pour invalidité temporaire imputable au service avec maintien de l'intégralité du traitement dans les conditions prévues par le code général de la fonction publique. Le fonctionnaire a également le droit à une allocation temporaire d'invalidité lorsque son incapacité est consolidée. Le Gouvernement est pleinement conscient des difficultés que peuvent rencontrer certains agents publics, en particulier des professionnels de santé exposés en première ligne, lorsqu'ils sollicitent la reconnaissance d'une affection liée au SARS-CoV-2 au titre des maladies professionnelles. Il demeure dans ce cadre attentif aux situations signalées et au retour d'expérience des employeurs publics et des acteurs de santé. Pour autant, il n'est pas envisagé, à ce stade, de modifier le cadre juridique applicable : l'action du Gouvernement vise notamment à sécuriser l'instruction des demandes dans le cadre existant (mobilisation de l'expertise médicale et de l'instance médicale compétente), afin d'assurer une application homogène sur le territoire.