Subrogation des indemnités journalières pour les agents contractuels de l'État
Question de :
M. Sébastien Saint-Pasteur
Gironde (7e circonscription) - Socialistes et apparentés
M. Sébastien Saint-Pasteur attire l'attention de M. le ministre de l'action et des comptes publics sur les conditions et le calendrier de mise en œuvre de la subrogation des indemnités journalières de sécurité sociale au bénéfice des agents contractuels de l'État. Dans son rapport de juin 2021 relatif à la rémunération des agents publics en arrêt maladie, la Cour des comptes relevait que la subrogation, fréquemment pratiquée dans les fonctions publiques territoriale et hospitalière, constituait un dispositif à la fois efficient et protecteur pour les agents. Elle estimait que sa généralisation à la fonction publique de l'État supposait une adaptation préalable des applications de gestion de la paie. La Cour constatait également la lourdeur des procédures auxquelles sont confrontés les employeurs ne pratiquant pas la subrogation, ainsi que les risques d'erreurs, de retards et de régularisations tardives supportés par les agents. L'accord interministériel du 20 octobre 2023 relatif à l'amélioration des garanties en prévoyance dans la fonction publique de l'État a ensuite prévu la mise en œuvre de la subrogation afin d'améliorer la prise en charge des agents contractuels en congé pour raison de santé et de simplifier la gestion de ces congés. Le décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 a inscrit ce principe dans le décret régissant les agents contractuels de l'État. Son entrée en vigueur, initialement prévue en 2025, a cependant été reportée au 1er janvier 2027 par le décret n° 2025-197 du 27 février 2025, au motif de la nécessaire optimisation de sa mise en œuvre dans les différents systèmes d'information. Dans l'attente, les indemnités journalières sont directement versées aux agents puis déduites des rémunérations maintenues par l'administration. Les décalages entre les versements de la sécurité sociale et les régularisations opérées par les services gestionnaires peuvent conduire à la constitution de trop-perçus importants. Ces régularisations peuvent affecter durablement la situation financière des agents, le montant de leurs revenus déclarés, leur accès à certaines prestations sociales ou au crédit, tout en générant une charge administrative supplémentaire pour les services des ressources humaines et de la paie. Cette difficulté est notamment signalée au ministère des armées. À l'Atelier industriel de l'aéronautique de Bordeaux, une pétition demandant la mise en œuvre effective de la subrogation a recueilli la signature de 161 agents contractuels, soit, selon les représentants du personnel, plus de la moitié des personnels concernés. Ces derniers font également état de délais importants dans le traitement des arrêts de travail et des trop-perçus par les centres ministériels de gestion. Il lui demande donc de préciser si des audits techniques et financiers ont été conduits depuis les observations formulées par la Cour des comptes en 2021 afin d'identifier les adaptations nécessaires des systèmes d'information et des logiciels de paie de l'État. Il souhaite connaître les résultats de ces audits, leur coût prévisionnel, les applications concernées, le calendrier des travaux engagés ainsi que la situation particulière du ministère des armées. Il lui demande également si le coût administratif et financier du maintien du dispositif actuel a été évalué, notamment au regard du nombre de régularisations et de trop-perçus, des délais de traitement et du temps de travail mobilisé par les services gestionnaires. Enfin, il lui demande de confirmer que la subrogation entrera effectivement en vigueur le 1er janvier 2027, de préciser si un nouveau report est envisagé et d'indiquer les mesures transitoires susceptibles d'être prises pour protéger les agents contractuels confrontés, d'ici cette date, à des régularisations importantes ou tardives.
Auteur : M. Sébastien Saint-Pasteur
Type de question : Question écrite
Rubrique : Fonction publique de l'état
Ministère interrogé : Action et comptes publics
Ministère répondant : Action et comptes publics
Date :
Question publiée le 28 juillet 2026