Réponse publiée le 11 février 2025

Chaque année, dans le cadre du rapport annuel sur l'état de la fonction publique, le service statistique ministériel de la fonction publique mobilise l'enquête Emploi de l'Insee pour produire des indicateurs en lien avec les absences pour raison de santé sur la base des données suivantes : proportion d'agents absents au moins un jour pour raison de santé sur une semaine donnée ; nombre moyen de jours d'absences pour raison de santé dans l'année ; ainsi que ces mêmes indicateurs déclinés par sexe et tranche d'âge. Selon cette enquête, la part des agents absents au moins un jour en 2023 pendant la semaine de référence pour raison de santé est plus importante dans la fonction publique territoriale (7 %) et la fonction publique hospitalière (6 %) que dans la fonction publique d'Etat (4 %). Les agents de la fonction publique se sont absentés 12,0 jours en moyenne en 2023, et cette moyenne recouvre des réalités de terrain très hétérogènes. Ainsi, par exemple, les agents de la FPE hors enseignants se sont absentés 8,4 jours en moyenne pour raison de santé, contre 9,3 jours pour les enseignants, 14,0 jours dans la FPH et 14,7 jours dans la FPT. Ces absences peuvent être liées à différentes causes telles que les maladies ou les accidents du travail ; elles n'incluent pas les congés maternité ou paternité ni, depuis 2021, les absences pour garde d'enfant malade. Ces statistiques s'appuient sur les déclarations des personnes enquêtées par l'INSEE. Elles ne reposent pas usr les catégories relatives aux congés de maladie ordinaire (CMO), congés de longue maladie (CLM) congés de longue durée (CLD) mais permettent, en distinguant les enseignants, d'avoir un suivi depuis 2014 par versant de la fonction publique. Dans son rapport, la Cour des Comptes évaluait le nombre moyen de jours d'absences en 2018, à 7,4 jours dans la FPE, 13,7 jours dans le FPT et 14,4 jours dans la FPH ; soit un nombre de jours ouvrés de congés maladie de 56,89 millions correspondant à l'activité de 252 000 ETP (4,9 % des ETP des trois versants). L'application des salaires moyens bruts chargés des trois versants de la fonction publique permettait ainsi d'établir un coût « brut » approximatif pour les employeurs publics des journées non travaillées de l'ordre de 12,4 Md€.De son côté, le rapport IGAS-IGF publié en juillet 2024 estime que le coût lié à la rémunération des jours d'absences pour raison de santé des agents publics "s'élève à 4,8 Md€ dans la FPE (hors compte d'affectation spécial« Pensions »), 5,3 Md€ dans la FPT et 4,3 Md€ dans la FPH, soit un total pour les trois versants de la fonction publique de 14,4 Md€". Pour obtenir des résultats consolidés, la DGAFP travaille à obtenir des données plus précises relatives aux CMO, CLM et CLD dans le cadre de la base de de données sociales (BDS) de la fonction publique d'État conformément au décret n° 2020-1493 du 30 novembre 2020 relatif à la base de données sociales et au rapport social unique dans la fonction publique (FPE), en parallèle des travaux conduits par la DGCL et la DGOS respectivement pour les versants territorial et hospitalier. Jusqu'à présent, les remontées ministérielles sont parcellaires en ce qui concerne la FPE et devraient progresser dans le cadre des travaux en cours de refonte de l'arrêté pris en application du décret précité.