Réponse publiée le 27 mai 2025

En application des articles L. 822-2 à L. 822-17 du code général de la fonction publique (CGFP), le fonctionnaire en activité a droit à plusieurs types de congés de maladie : Un congé de maladie ordinaire (CMO) d'un an maximum pour les pathologies les plus courantes, indemnisé à hauteur de 90% du traitement pendant trois mois, hors jour de carence, et de neuf mois à demi-traitement ; un congé de longue maladie (CLM) en cas d'affection grave et invalidante nécessitant un traitement et des soins prolongés, de trois ans maximum, indemnisé à plein traitement pendant un an et deux ans à demi-traitement dans la fonction publique territoriale et la fonction publique hospitalière et à 60 % dans la fonction publique de l'État. Une part du régime indemnitaire est maintenu à l'agent pendant ces périodes. Le droit à CLM se renouvelle dès lors que le fonctionnaire a repris ses fonctions pendant au moins un an ; un congé de longue durée (CLD) de cinq ans au maximum si le fonctionnaire est atteint par l'une des maladies graves listées au niveau législatif et qu'il est dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions. Ce congé est indemnisé à hauteur de trois ans à plein traitement et de deux ans à demi-traitement sans maintien de primes. Le droit à CLD n'est pas reconstituable. Si la durée du CLD est supérieure à celle du CLM, l'absence de droits reconstituables du CLD, la perte de la part indemnitaire et l'épuisement total des droits à congé maladie au terme des cinq ans du CLD ne garantissent pas nécessairement une protection sociale supérieure à celle du CLM. Il convient de souligner par ailleurs que l'arrêté du 14 mars 1986 établit une liste de maladies ayant vocation àdonner droit au CLM mais que cette liste n'a qu'un caractère indicatif, l'octroi d'un CLM reposant légalement sur les seuls critères fixés à l'article L. 822-6 du CGFP, à savoir une affection grave et invalidante nécessitant un traitement et des soins prolongés et mettant l'agent dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions. Dans tous les cas, au terme de ses droits à congés pour raison de santé, le fonctionnaire inapte provisoirement à reprendre le travail peut être placé en disponibilité pour raison de santé (DRS) et, s'il est atteint d'une invalidité réduisant au moins des deux tiers sa capacité de travail, il peut percevoir une allocation d'invalidité temporaire (AIT). Le montant de cette allocation correspond, selon le degré d'invalidité, de 30 à 50 % de son traitement et de ses primes, dans la limite de 50 % du plafond de la sécurité sociale, éventuellement majoré de 40 % pour assistance d'une tierce personne. En cas d'inaptitude définitive, le fonctionnaire est placé en retraite pour invalidité et perçoit une pension de retraite. Conscient des difficultés auxquelles les fonctionnaires malades peuvent être confrontés, le Gouvernement a renforcé la couverture des agents confrontés à des situations de maladies longues. Depuis le 1er septembre 2024, la rémunération des fonctionnaires de l'État en CLM a ainsi été portée à 60 % pendant les deuxième et troisième années et l'assiette de rémunération prise en compte pour le calcul du niveau d'indemnisation de ce congé a été élargie. Elle comprend désormais le dernier traitement indiciaire brut ainsi que les primes et indemnités perçues par l'agent. En outre, la protection sociale complémentaire en prévoyance, que les employeurs de l'État mettent progressivement en place au profit de leurs agents depuis le 1er janvier 2025, met l'accent sur la couverture des maladies longues, en prévoyant notamment une couverture complémentaire du CLM à hauteur de 100 % de la rémunération la première année puis de 80 % les deux années suivantes. Dans la fonction publique territoriale et hospitalière, des évolutions sont en réflexion afin d'adapter les niveaux de prise en charge complémentaire de la longue maladie. Une réforme de la prise en compte de l'invalidité non professionnelle des fonctionnaires de l'État est également en cours d'expertise.