Réponse publiée le 20 mai 2025

La loi n° 20114-58 du 27 janvier 2014 de modernisation de l'action publique territoriale et d'affirmation des métropoles (loi « MAPTAM »), et notamment son article 78 modifié par l'ordonnance n° 2022-68 du 26 janvier 2022 a confié aux régions qui le souhaitaient la gestion des aides non surfaciques du second pilier de la politique agricole commune. La région Bourgogne-Franche-Comté est donc, en tant qu'autorité de gestion régionale, responsable de la bonne gestion des dossiers concernés, et il en est de même pour les dossiers qui relèvent de la programmation 2014-2022, au cours de laquelle la région était également autorité de gestion du fonds européen agricole pour le développement rural. Depuis l'automne 2021, les services de l'État, en administration centrale comme dans les territoires, ont travaillé en lien étroit avec ceux des régions pour que le transfert de compétences prévu se réalise dans les meilleures conditions. À ce jour, la situation peut être qualifiée de normale dans la plupart des régions. Les difficultés rencontrées par la région Bourgogne-Franche-Comté dans la prise en charge des dossiers font l'objet d'une attention particulière des services de l'État. Ainsi, le préfet de région a demandé aux directions départementales des territoires (DDT) de reprendre progressivement l'instruction des dossiers du dispositif plan de compétitivité et d'adaptation des exploitations agricoles (PCAE) de la programmation 2014-2022. Ainsi, environ 1 000 dossiers ont été transmis pour instruction aux DDT entre juillet 2023 et octobre 2024. Un dernier envoi de 700 dossiers supplémentaires a été décidé en novembre 2024. Il s'agit d'une mobilisation exceptionnelle de l'État en réponse à la détresse des agriculteurs en attente de paiement. Au total, sur demande de la région, les services de l'État ont repris l'instruction d'environ 1 700 dossiers d'aide à l'investissement (PCEA) de la programmation 2014-2022 qui avaient été transférés au conseil régional. Par ailleurs, un dispositif de réunions techniques régionales et départementales rassemblant les chambres d'agriculture, l'agence de services et de paiement, la direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt et les DDT, a été mis en place et permet un suivi partagé sur l'avancement de l'instruction des dossiers. Ces mesures et le soutien de l'État devraient permettre de résorber les retards cette année. Afin de suivre au plus près le bon déroulement du paiement des aides, un point de suivi hebdomadaire des mesures de la politique agricole commune est réalisé par la ministre. Il permet de détecter voire de prévenir les difficultés signalées, et de les résoudre au plus vite.