Réponse publiée le 2 décembre 2025

En 2014, l'association regroupant des laboratoires privés APROLAB avait déposé auprès de la Commission européenne une plainte relative aux commandes d'analyses dans le cadre des contrôles officiels effectués à la demande des autorités françaises (ministère chargé de l'agriculture) par les laboratoires départementaux d'analyses agréés (LDA). Cette plainte visait les compensations attribuées aux LDA par les conseils départementaux qui, selon le plaignant, fausseraient le coût des analyses dans le domaine concurrentiel. La procédure avait été suspendue en 2020 par la direction générale de la concurrence (DG concurrence) de la Commission européenne à la faveur de la recherche d'une solution à l'amiable entre les autorités françaises et le plaignant, fondée sur la mise en place de mandats de service d'intérêt économique général (SIEG). Un courrier de la DG concurrence, relatif au dépôt par le même plaignant APROLAB de nouvelles plaintes concernant les aides d'État présumées en faveur des LDA a été adressé en février 2025 aux autorités françaises. Malgré les engagements pris avec la mise en œuvre du mandat SIEG national laboratoires (décret n° 2023-1358 de 28 décembre 2023 et arrêté du 9 février 2024 modifié pris pour l'application de l'article R. 202-20-7 du code rural et de la pêche maritime), effective depuis 2024, le plaignant estime que les LDA continuent de percevoir des aides d'État incompatibles avec le marché intérieur de la part des collectivités locales, en particulier des départements, sous forme de subventions d'équilibre ou autres dispositifs financiers. La Commission interroge les autorités françaises, d'une part, sur la mise en place du mandat SIEG national par le ministère chargé de l'agriculture et, d'autre part, sur les financements octroyés à ces laboratoires par les autorités locales. Les plaintes visent des domaines d'activité plus larges que ceux relevant de la compétence du ministère chargé de l'agriculture. Les analyses des eaux, pour lesquelles le marché est libéralisé, et d'autres analyses du secteur environnemental sont en effet visées par le plaignant. Il apparaît ainsi qu'à ce jour, une majorité des griefs du plaignant portent sur les financements versés à ces laboratoires par les autorités locales, en particulier les départements. Toute expertise et argumentaire juridique portant sur les financements alloués dans le passé au niveau local et tous les engagements à venir pour garantir la légalité des aides versées et formaliser les dispositifs sont de nature à permettre à la Commission européenne de mener des discussions constructives avec le plaignant. Si un doute persiste quant à la légalité des aides, la Commission sera dans l'obligation d'ouvrir une procédure formelle d'enquête qui pourrait conduire à la demande de récupération de tout ou partie des aides versées localement aux quatre laboratoires concernés depuis 2010. Le ministre de l'aménagement du territoire et de la décentralisation a été informé de cette situation. La direction générale des collectivités locales (DGCL) est mobilisée et travaille à l'élaboration d'un guide pratique relatif au financement de LDA dans le cadre de SIEG locaux. La ministre chargée de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire sait combien les LDA ont pris une part essentielle à la gestion des crises passées comme récentes (influenza aviaire hautement pathogène, fièvre catarrhale ovine, etc.) et jouent un rôle clé dans le maillage sanitaire français. Elle reste mobilisée pour poursuivre la défense du réseau de LDA, en concertation avec les acteurs des territoires. La préservation du maillage territorial de ces laboratoires, qui est une garantie de réponses rapides aux évènements sanitaires, reste une priorité pour le ministère chargé de l'agriculture.